Трудно судить об истинных мотивах последующих действий патриарха, главное, что они не принесли ему ожидаемых им же результатов. А сделал он буквально следующее: то ли по примеру митрополита Геронтия (1473–1489), то ли подражая Ивану Грозному, он, не слагая с себя патриаршего звания, взял да и удалился в свой Новый Иерусалим, после чего наступило более чем восьмилетнее (!) церковное нестроение. К разочарованию царя, Никон, уходя из Москвы, не отказался от сана и продолжал считать себя действующим главой Русской церкви. Получилась парадоксальная ситуация: нового патриарха невозможно было избрать без участия Никона, так как могло наступить двупатриаршество, но и допускать Никона к участию в выборе преемника тоже было опасно из-за реальной угрозы появления на патриаршем престоле его двойника. Оставался последний путь – найти законные основания для отрешения патриарха от сана, чем царь и его окружение были заняты все последующие годы.
Сначала – в феврале 1660 года – была предпринята попытка доказать, что Никон по собственной инициативе покинул престол, а поэтому он уже не может считаться патриархом, принимать участие во внутрицерковных делах, в том числе и в выборе своего преемника. Созванный для этого специальный Церковный собор с участием греческих священнослужителей согласился с доводами обвинения, однако киевский монах Епифаний Славинецкий, самый известный в то время из русских ученых-богословов, представил возражения, с которыми Алексей Михайлович не мог не считаться, и отрешение не состоялось. Никон предложил свой вариант выхода из кризиса, сводившийся к неукоснительному соблюдению церковных канонов на предстоящих выборах, а также на своем личном участии в процедуре передачи высшей церковной власти. Но, как предполагают исследователи, бояре, боясь, что при личной встрече царь вновь может подпасть под влияние опального патриарха и попросит его остаться на престоле, убедили Алексея Михайловича обратиться за разрешением этой проблемы к восточным патриархам.
А пока суд да дело, на Никона было организовано массированное давление со всех сторон. Его имя перестало упоминаться во время церковных богослужений, а общение со светскими и духовными лицами резко ограничилось. Ранее приостановленные статьи Соборного уложения о Монастырском приказе заработали с новой силой, что привело к отмене ряда приказаний Никона об управлении церковными землями, вплоть до возвращения некоторых владений государству. Со стороны соседствующих с Воскресенским монастырем (Новым Иерусалимом) землевладельцев посыпались бесконечные жалобы по обвинению Никона в утаивании беглых крестьян и присвоении их земель. Для рассмотрения жалоб была создана специальная следственная комиссия во главе с князем Одоевским, которая в конечном итоге ограничила Никону свободу передвижения, заключив в келье Воскресенского монастыря. Без царя это, естественно, не обошлось.
Тем временем восточным патриархам были направлены новые «вопрошения», где в обезличенной форме излагалась московская ситуация и испрашивалось их мнение о том, как должны поступить Собор и царь с церковным иерархом, обвиняемым в оставлении своей паствы, незаконном стяжательстве, вмешательстве в мирские дела, чрезмерном честолюбии, оскорблении монарха. Всем было известно, о ком идет речь, поэтому мнения разделились. Патриархи Константинопольский (вскоре умерший Дионисий) и Иерусалимский (Нектарий) были настроены относительно миролюбиво. Они считали, что Никон был вправе защищать свои патриаршие права и протестовать против вмешательства светских властей в дела церкви, а потому предлагали царю помириться с патриархом. Иной точки зрения придерживались патриархи Александрийский (Паисий) и Антиохский (Макарий), которые в ожидании хороших подарков от царя не только признали Никона виновным во вмешательстве в государственные дела, но и согласились лично приехать в Москву на Церковный собор для участия в суде над ним. Их позиция не устроила нового Вселенского (Константинопольского) патриарха Парфения IV, и он данной ему властью объявил их отрешенными от власти, а их патриаршие престолы – вакантными, вследствие чего Паисий и Макарий на Московском соборе, по существу, представляли лишь самих себя, но никак не свои патриархии.