В Москве он появился в самый разгар распри патриарха с царем и, оценив ситуацию, примкнул к партии Алексея Михайловича. Именно он разработал план низложения Никона. Более того, грек стал ближайшим помощником царя в борьбе с патриархом и чуть ли не главой Московской патриархии. Арсенал его средств был обширен и не отличался, как видно, излишней щепетильностью, ибо в памяти поколений он остался «несчастьем Русской церкви», хитрым, льстивым, пронырливым и бесчестным интриганом. Не останавливался Лигарид и перед подлогом, самозванно присвоив себе полномочия экзарха Константинопольского патриарха. По его сценарию и с его режиссурой состоялся судебный фарс над Патриархом Московским. Но эта победа не принесла ему ни власти, ни славы, ни денег.
Кто знает, были ли Арсений и Лигарид звеньями одной цепи в антиправославной политике Рима? Грех угадывать, тем не менее совпадения настораживают и предостерегают.
Покончив с Никоном, царь и Собор обратили свое внимание на старообрядцев, чье движение, имевшее моральную поддержку в Москве, получило широкое распространение на Севере России и в Поволжье. На Собор были приглашены, с одной стороны, лидеры старообрядчества во главе с Аввакумом, а с другой – лояльные царю епископы и архимандриты. Тон задавали опять же восточные патриархи – Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский. Однако примирение не состоялось. На выдержанную и аргументированную петицию старообрядцев в защиту своих догматов последовала разгромная отповедь, составленная тем же Лигаридом, западнорусским монахом Симеоном Полоцким и греческим архимандритом Дионисием из Иверского монастыря на горе Афон. В результате Собор, не найдя путей примирения, пошел на поводу у людей, плохо разбирающихся в характере и обычаях русского народа, и не только лишил идеологов старообрядчества духовного сана, но и заточил их по разным монастырям. Более того, он проклял и предал анафеме всех двуперстных почитателей старых церковных книг, что было расценено приверженцами старины как осуждение всей предшествующей истории Русской церкви, в том числе и всех «святых, в Русской земле воссиявших». Но и этого грекофилам показалось мало. Они рекомендовали царю считать старообрядцев еретиками и наказать их, применяя всю мощь своей власти.
Непримиримая позиция сторон и перегибы в реализации соборных постановлений привели, как мы уже говорили, к расколу русского общества чуть ли не пополам. И пусть нас не смущает видимое численное преимущество сторонников реформы среди иерархов церкви, большинство крестьян и жителей городских посадов раскольниками считали как раз представителей официальной церкви и воспринимали их действия как отход от древнего русского благочиния, как происки Антихриста и были на стороне Аввакума и его духовных братьев. Применение же силы со стороны светских властей против старообрядцев лишь озлобило их и превратило в противников теперь уже не только никониан, а и Русского государства, сделавшего их гонимыми, «аки первохристиан».
В Московском царстве образовались как бы два общества, два духовных центра: один в Москве, а другой – в монастырях и старообрядческих скитах. Не потому ли было так много староверов в бандах, примкнувших к мятежу Степана Разина?
Дальнейшие события развивались следующим образом. Арестованных идеологов старообрядчества, Аввакума, Никифора, Лазаря и Епифания, в декабре 1667 года доставили в Пустозерск. Через несколько месяцев к ним присоединится и дьякон Федор. Первое время условия их содержания были достаточно свободными. Они продолжали заниматься литературной деятельностью: писали прошения царю, требуя нового суда, и рассылали свои обращения по городам и весям к своим единомышленникам через жену Аввакума, сосланную вместе с двумя ее сыновьями в Мезень. В Москве центром староверов был дом боярыни Морозовой, поддерживаемой в своих церковных подвигах царицей Марией Милославской и именитыми родами Салтыковых, Хованских, Долгоруковых, Волконских. Смерть царицы в марте 1669 года лишила Морозову высокого покровительства, тем не менее она продолжала свою деятельность проповедницы и защитницы старообрядчества.
Однако справедливости ради нужно отметить, что идейным вдохновителем и рупором старых церковных традиций в Москве был все-таки незаслуженно забытый юродивый Афанасий (в монашестве Авраамий), который настолько раздражал власть имущих, что в феврале 1670 года его в конце концов арестовали. При обыске у него будут найдены документы, уличающие его в связях с пустозерскими ссыльными. Его будут пытать, требовать отречения, но он будет тверд и погибнет на костре через два года.
Арест Авраамия повлечет за собой помещение в тюремную яму самого Аввакума и членов его семьи. Участь других апостолов старообрядчества будет еще хуже. Лазарю, Епифанию, Федору (Никифор к тому времени скончался) в апреле того же года отрубят правую руку, чтобы не писали противное официальной церкви, и язык, чтобы не говорили крамольное.