Бесчинства прекратились, но не прекращался поток все новых и новых челобитных, инициированных, впрочем, самой Софьей. Сначала стрельцы в ультимативной форме потребовали, чтобы царями были объявлены оба брата – Иван и Петр. Боярская дума, испугавшись, собрала импровизированный Собор, и 26 мая это сборище приняло соответствующее решение, причем старшинство было предоставлено Ивану. Через три дня стрельцы подали новую челобитную – теперь уже о том, чтобы, по молодости государей, правление государством было вручено царевне Софье Алексеевне. И Софья, таким образом, стала правительницей.
Стрельцы же с каждым днем продолжали наглеть. Теперь им уже мало было одних денег. Им потребовалась слава, а поэтому свой бунт от 15 мая они захотели именовать подвигом и проявлением верности своим государям, в ознаменование чего попросили установить на Красной площади памятный столп. Было исполнено и это их желание.
Аналогично стрелецкой массе вел себя и Хованский, ведущий свою родословную от Гедиминовичей. Став главой Стрелецкого приказа, он посчитал себя всесильным и потерял всякое чувство меры от своей значимости. Он стал заявлять, что порядок в Москве держится лишь на нем, что без него все ходили бы по колено в крови, что все прочие бояре приносят государству один лишь вред. В эйфории своего величия Хованский рассорился не только со своим бывшим союзником Иваном Милославским, но и стал подумывать, по доносам его недоброжелателей, о том, как бы ему самому завладеть царским престолом.
Но тут нашла коса на камень. Пустым обещаниям и краснобайству Хованского Софья противопоставила свой изворотливый ум и твердость явно не женского характера. Первое свое поражение Тараруй потерпел в процессе организованного им диспута между старообрядцами, которых он поддерживал вместе с доброй половиной стрелецкого войска, и никонианами. Старообрядцы не только проиграли словесную баталию, но и потеряли шестерых своих основных идеологов. Никите Пустосвяту по приказу правительницы отрубили голову, а остальных разослали по дальним монастырям. Второе поражение ждало Хованского в Боярской думе. Бояре отвергли его популистское предложение о введении нового налога в пользу стрельцов, что спровоцировало в их среде новые волнения, подогреваемые вдобавок слухами о планах бояр по их полному «изведению».
Обстановка день ото дня продолжала нагнетаться. Наконец пребывавшая в постоянном страхе царская семья получила весть, что стрельцы намереваются перебить всю царскую семью во время крестного хода в Донском монастыре и возвести на престол князя Хованского. Отказавшись участвовать в этой церемонии, Софья на следующий день, 20 августа, вывезла все царское семейство в летнюю резиденцию московских царей. Вслед за ней столицу покинули и все бояре, оставив Хованского в гордом одиночестве.
Вскоре во все города полетели гонцы с царской грамотой, где события 15–16 мая квалифицировались уже не как подвиг, а как мятеж. Служилые люди оповещались о ставших известными из подметных писем намерениях Хованского убить обоих государей, перебить всех бояр, окольничьих и думных людей. Всем верным царским слугам предписывалось идти с «великим поспешением очищать от воров и изменников царствующий град Москву».
Удивительно, но, по всей видимости, Хованский не знал содержания этой грамоты, потому что он одновременно с другими знатными людьми царства без особых мер предосторожности направился по вызову Софьи в село Воздвиженское, где она находилась вместе с боярами, прибывшими к ней как бы по случаю ее тезоименитства и уже решившими его участь. Навстречу Хованскому был послан князь Лыков, который без особого труда арестовал его вместе с сыном и доставил на оглашение приговора. Обвинения строились в основном на неправильном распоряжении казной в пользу стрельцов, потачке их наглому невежеству, неправом суде, дерзких речах, подстрекательстве раскольников, неповиновении царским указам. Все это «потянуло» на смертную казнь. И, как осужденный ни добивался встречи с царствующими особами, чтобы обличить «настоящих заводчиков бунта стрелецкого», говорить ему не дали, а тут же казнили – и его, и сына.
Боясь мести стрельцов за убийство их отца-командира, Софья со всем царским семейством укрылась за стенами Троицкой лавры и объявила мобилизацию дворянского ополчения. Стрельцов же обуял страх, ибо они знали о своей непопулярности среди всего остального населения, да и столкновение с дворянским ополчением не сулило им ничего хорошего, так как вся их сила была в близости ко двору и благорасположении к ним царствующих особ, чего они лишились своим опрометчивым поведением. Испугавшиеся скорой расправы стрельцы расставили караулы у всех городских ворот, захватили Кремль, овладели пушечным двором с его орудиями и порохом. Их посредником в переговорах с правительством стал патриарх. На просьбу стрельцов к царскому семейству возвратиться в Москву Софья ответили требованием присылки к ней по двадцать человек выборных от каждого стрелецкого полка.