Несколько успокоившись после устроенной крестоносцами чудовищной насмешки над греками, Папа Иннокентий III все же одобрил взятие ромейской столицы и написал императору Балдуину о том, как ему «…приятно, что Константинополь вернулся к повиновению своей Матери, Святой Римской Церкви». Уже в 1205 г. он призвал к привозу латинских богослужебных книг на Восток с целью введения там западного обряда. Все важнейшие посты в Православной Церкви заняли, разумеется, латинские священники. Даже была предпринята попытка основать в Константинополе католический университет. Центром распространения католицизма должен был стать построенный в самом Константинополе монастырь, недаром названный во имя Св. Доминика — основателя инквизиции, особенно непримиримого борца с ересями.
Тем не менее, греки прочно держались своей веры, хранили обряды, обычаи предков. Они наотрез отказывались переходить в католичество, платить обязательную для латинского Запада церковную десятину. Православное духовенство отвергало целибат (обет безбрачия) и требовало создать, наряду с латинским, греческое патриаршество в Константинополе. Нередко православные священники слагали с себя сан, не желая проводить богослужение по католическому обряду. Непослушных бросали в тюрьмы, пытали, а иногда даже казнили. Латины разгоняли православные монастыри, закрывали и опечатывали церкви, прихожане которых не желали принимать католичество. Ромеи, не имея возможности покинуть покоренную «варварами» страну, все же не признавали их засилия, находя свое утешение в вестях об успехах правителей греческих государств. А успехи последовали очень скоро.