Тем не менее, привычные болезни не отступали. Так, в 1715–1717, 1738, 1758–1759 и 1769 годах армия становилась жертвой вспышек тифа. Власти подготовили особое руководство для военных с целью предотвратить распространение болезни путем соблюдения правил гигиены, но первый значительный успех в этом отношении был достигнут только в 1792 году, когда Суворов стал систематически применять эти методы во время польской кампании. Гражданское население также страдало от тифа, который в 1718 году бушевал в Петербурге, в 1730-х годах – на северо-западе, в 1743-м и 1760-х годах – в центре. Тем не менее, эти вспышки обычно носили региональный характер, эффективно сдерживались карантинными мерами и даже, как утверждают некоторые, полезной с гигиенической точки зрения привычкой крестьян еженедельно посещать баню.
Чума также приносила с собой тяжелые испытания. В первые десятилетия XVIII века большие по численности российские войска стали жертвой инфекций во время турецких кампаний, а также войн со Швецией и Польшей. Волна чумы прокатилась по Прибалтике, где русские войска стояли в 1710–1711 годах, накрыла Псковщину и Новгородчину и пошла на юг, в литовские и украинские земли. В 1711–1712 годах чума продолжала свирепствовать в Польше, Украине и Причерноморье, а в 1718 году вновь появилась в Киеве, Азове и причерноморских степях. Карантинные мероприятия не позволили ей проникнуть в Москву, но Астрахань в 1727 году потеряла половину населения. Точно так же чума, вспыхнувшая в украинских землях и Крыму в 1738–1739 годах, во время войны с Турцией, не распространилась дальше на север. Однако Москва серьезно пострадала от эпидемии 1770–1773 годов, изначально возникшей в Молдавии, в расположении турецких войск. Чума быстро достигла Киева в августе 1770 года, Севска, расположенного юго-западнее Москвы – в сентябре того же года и, наконец, Москвы – в декабре. В Москве всплеск заболеваемости наблюдался в сентябре 1771 года, когда умерло почти 20 тысяч человек и разразился бунт, направленный против принимаемых властям мер. Эпидемия затухла в 1772 году; к этому времени половина населения покинула Москву, а три четверти оставшихся (до 70 000 человек) скончались. В Петербурге был устроен чумной госпиталь (1770), но благодаря жестким карантинным мерам столица избежала эпидемии. Постоянный карантинный госпиталь появился там в 1783 году.
В России, как и в Европе, оспа продолжала оставаться эндемичным заболеванием; смертность была выше всего среди детей до десяти лет. Крупная вспышка произошла в Санкт-Петербурге в начале 1770-х годов. Сибирь пережила крупные эпидемии в 1710-х, 1730-х и 1760-х годах, более мелкие случались там каждые пять-шесть лет. Оспа пришла и на Тихоокеанское побережье, уничтожив две трети коренного населения Камчатки (1768–1769); в 1770-х годах она выкосила калмыков. Жертвами этой болезни становились даже члены правящей династии: молодой император Петр II скончался от нее в 1730 году, а Петр III, будущий супруг Екатерины II, заразился оспой еще в детстве, когда проживал в Голштинии, и выжил, но на лице его остались безобразные шрамы.
Прививать оспу в России начали в конце века. В народе с ней издавна боролись, обеспечивая физический контакт младенцев с теми, у кого болезнь проявлялась в слабой форме, но крестьяне не практиковали прививки, как это делали в Китае и Индии с древнейших времен. Екатерина II ввела в стране современную практику оспопрививания, вызвала в Санкт-Петербург британского врача Томаса Димсдейла, который пропагандировал ту по всей Европе. Он сделал прививки самой Екатерине и ее сыну Павлу в 1768 году и вернулся в 1781 году, чтобы привить двух ее внуков. Екатерина настояла на том, чтобы все придворные привились, и в течение следующих трех десятилетий «оспенные дома» – центры оспопрививания – открылись в Петербурге, Москве, Киеве, Иркутске и Казани; просвещенные дворяне создавали их в своих поместьях. По имеющимся оценкам, привились 20 тысяч человек (по некоторым данным – гораздо больше), но в России не существовало развитой сети учреждений здравоохранения, которая позволила бы всерьез изменить обстановку в масштабах империи.
Последние слова можно отнести ко всей системе предупреждения эпидемий в XVIII веке. Не хватало учреждений здравоохранения, современных медицинских и эпидемиологических исследований, средств распространения информации, которые эффективно охватывали бы население в случае эпидемии. На протяжении всего раннего Нового времени население постоянно страдало от последствий болезней, многие умирали от них. Это было одним из обстоятельств повседневной жизни – не считая периодических вспышек инфекционных заболеваний.