В 1773–1774 годах восстание распространилось с Урала на запад, вплоть до Казани, и на юг, вдоль Волги, вплоть до Астрахани. Пугачев создал довольно сложный центральный аппарат, военный и политический, пародировавший, по сути и по названиям, российские имперские институты. Несмотря на контроль со стороны предводителя, восстание оказалось хаотичным по своему ходу и чрезвычайно разрушительным. Восставшие были разобщены: на Урале рабочие громили заводы и нападали на руководство, в то время как башкиры действовали против рабочих, а также против крестьян и казаков, справедливо считая их угрозой для своего статуса и образа жизни. В Поволжье крестьяне и представители местных народов нападали на помещиков и немецких колонистов. Люди и имущество повсюду становились жертвами жестокого насилия: более половины из примерно 120 уральских заводов на Урале получили серьезные повреждения; восставшие грабили церкви и амбары, жгли имения; предместья городов, особенно Казани, были разорены и преданы огню. На заводах, в крупных селах и дворянских усадьбах толпы мятежников не только убивали помещиков, но и (как и во время восстания Разина) уничтожали документы, свидетельствовавшие об их зависимом положении, – списки податных людей, документы на право собственности, счетные книги, журналы работ. Летом 1774 года восстание охватило крупнейшие поволжские регионы, включая такие города, как Казань, Нижний Новгород, Арзамас, Алатырь, Симбирск, Пенза, Саранск, Тамбов, Воронеж. По одной из оценок того времени, было убито 1572 дворянина, 1037 государственных чиновников, 237 священнослужителей, а всего жертвами стали 22 тысячи человек, в основном повстанцы. В итоге Пугачев не захватил ни одного крупного административного центра, кроме Челябинска (ненадолго), но охваченный восстанием регион при этом подвергся огромным разрушениям.
К концу 1774 года регулярные войска разгромили повстанцев, Пугачев был взят в плен (как и Разина, его сдали верные властям донские казаки). Восставших ждало жестокое возмездие. Сотни вожаков были повешены, рядовые участники – биты кнутом и сосланы. Пугачева доставили в Москву, судили и казнили в январе 1775 года; Екатерина II проявила милосердие, запретив применять пытки на суде и приказав обезглавить его перед четвертованием. После этого она попыталась стереть память о восстании, переименовав реку Яик в Урал, а Яицкое казачье войско – в Уральское. В марте 1775 года она распорядилась предать «все прошедшее вечному забвению и глубокому молчанию» – точно так же, как 20 лет спустя она и другие участники раздела Польши договорились предать забвению само название «Королевство Польское» и не употреблять его в своей титулатуре. Что важнее, по всей империи началось наступление на казацкие вольности; как уже говорилось в главах 4 и 5, центральная власть ужесточила контроль над казаками от Запорожья до Кубани. Было также введено новое трудовое законодательство для горной отрасли. Новая сеть сельских органов власти, учрежденных в рамках административной реформы 1775 года, стала намного гуще и осуществляла более пристальный надзор (см. главу 14).
Никто, однако, не задумывался всерьез об упразднении крепостного права, и тем более это не рассматривали как возможную реакцию на крестьянское восстание. Екатерина II обдумывала освобождение крестьян в теоретическом плане, имея в виду стимулирование роста населения и соблюдение принципов естественного права, что могло бы обеспечить крестьянству процветание и привести к росту сельскохозяйственного производства. В «Наказе» 1767 года обличаются дворяне, которые «не быв вовсе или мало в деревнях своих, обложат каждую душу по рублю, по два и даже до пяти рублей», ввиду того что это «уменьшает народ и земледелие»: крестьяне вынуждены покидать свои деревни ради отхожих промыслов. По инициативе императрицы Вольное экономическое общество обсуждало проблему крепостного права и в 1768 году опубликовало сочинение, призывавшее к его отмене (оно победило на конкурсе работ, посвященном улучшению условий жизни крестьян). В 1780-е годы был подготовлен проект Жалованной грамоты государственным крестьянам (по аналогии с грамотой городам 1785 года), предусматривавшей правовое оформление их статуса, наделение крестьян имущественными правами, дарование им органов самоуправления. Это документ так и не был опубликован – возможно, из боязни волнений крепостных, подобных тем, которые вспыхнули после провозглашения вольности для дворянства.