В ходе переговоров японской стороне первоначально пришлось отказаться от требований передачи ей всего Сахалина. И этот вопрос был снят с повестки дня. Однако затягивание переговоров в Портсмуте одинаково тревожило и Токио, и Санкт-Петербург. Во время аудиенции американского посла в России Майера у императора Николая II последний неожиданно для собеседника заметил ("как бы про себя"), что готов ускорить подписание мирного договора уступкой японцам южной части острова Сахалин.
Подробности конфиденциального разговора в Зимнем дворце российского монарха и посла США стали известны в Токио. Японской делегации в Портсмуте была послана телеграмма с приказанием отсрочить последнее заседание делегаций двух сторон на один день. После продолжительного совещания премьер-министр Кацура и вице-министр послали японской делегации новые инструкции. На возобновившихся через день мирных переговорах японская делегация сделала следующее заявление:
"Императорское правительство решило в знак своего миролюбия отказаться от требований на весь Сахалин и делает последнюю уступку, удовлетворяясь южной половиной острова".
По свидетельству очевидцев, эта сцена на мирной конференции в Портсмуте выглядела так:
"Абсолютное молчание продолжалось несколько секунд. Витте по обыкновению мял бумагу, которая лежала перед ним. Розен курил папиросу. Японцы имели загадочный вид. Затем Комура спокойным голосом сказал, что японское правительство, стремясь к восстановлению мира и к успешному окончанию переговоров, согласно на русское предложение о разделении Сахалина на две части без денежного вознаграждения. Витте заявил, что предложение японцев приемлемо и что линия демаркации на Сахалине будет проходить по 50-му градусу северной широты".
Пункт о военной контрибуции российской стороной был решительно снят. Япония требовала 1200 миллионов иен контрибуции, несмотря на то что война стоила ей 2 миллиарда иен. Япония сократила свои требования, приняв во внимание расстроенные финансы России. По особому соглашению Россия заплатила лишь за содержание на Японских островах русских военнопленных, которые после подписания мирного договора сторонами возвращались на родину, равно как и японские военнопленные.
Требование Токио о выплате военной контрибуции не встретило поддержки у президента США Вудро Вильсона. В итоге война оказалась крайне розорительной для японской экономики, чего нельзя было сказать о материальных затратах России.
Правда, Японии достались в качестве военных трофеев суда эскадры Небогатова, затонувшие на внешнем рейде и во внутренней гавани корабли Порт-Артурской эскадры, включая крейсер "Варяг" в Чемульпо и крейсер "Новик" у сахалинских берегов. Все эти корабли были подняты, отремонтированы и введены в состав японского флота. Он, таким образом, вышел из войны более сильным и многочисленным, нежели вступил в нее.
Россия оставляла за собой право сохранить в Маньчжурии вое-низированную охрану КВЖД, но при этом иметь не более 15 "заамурских стражников" (конных и пеших) на один километр железнодорожного пути. Стороны обязывались начать одновременный отвод своих войск с территории Маньчжурии, за исключением Квантуна. Первыми отводились войска с линии фронта во избежание случайных столкновений противостоящих сторон.
Россия взяла на себя материальную сторону содержания русских военнопленных на Японских островах. Бывший в плену мичман Анатолий Толстопятов (пытавшийся совершить дерзкий побег из места заключения) в своих воспоминаниях свидетельствует:
"Пленные офицеры имели каждый отдельную комнату, пользовались садом, в их распоряжении был бильард и теннис, наконец, они получали жалованье от русского правительства по 50 р. в месяц и, казалось, ни в чем не нуждались. Но, боже мой, какое то было тяжелое, беспросветное существование!"
Довольно в сносных условиях содержались в японском плену и нижние чины, для которых большой отдушиной были привычные богослужения православных священников. Японское начальство не раз демонстрировало свое великодушие к пленникам, и русские кладбища 1905 года в стране Восходящего Солнца сохраняются и оберегаются по сей день. Содержание пленных японцев на юге Восточной Сибири и в Приамурском крае, прежде всего из-за суровых природных условий, большой комфортностью не отличалось.
Историки признают то, что Япония вовремя сумела закончить войну. Американский военный историк Х. Бартон констатирует: "Если бы переговоры сорвались и военные действия возобновились, то для достижения скорой победы у Японии не было бы войск".
Большая война на Дальнем Востоке на самой заре XX столетия сопровождалась большими жертвами с обеих сторон. Россия потеряла в общей сложности около 270 тысяч человек, в том числе свыше 50 тысяч убитыми. Потери Японии исчислялись в 270 тысяч человек, включая 86 тысяч убитыми.