Что касается офицерского корпуса, то здесь и у Кутузова было много конкурентов-ненавистников. Но для борьбы с ними Михаил Илларионович обладал навыками, которых не имел прямодушный Барклай: Кутузова можно смело назвать гроссмейстером аппаратных игр, ловким политиком, царедворцем и даже интриганом. Благодаря исключительной хитрости и лукавству главнокомандующий установил в армии единоначалие, кого-то попросту из нее удалив, как желчного Беннигсена, а кого-то отрешив от реального управления войсками. В число последних попал и Барклай, для которого подобное положение было попросту унизительным и нетерпимым. В Бородинском сражении приниженный генерал устремлялся в самые опасные места, ища смерти, но она миновала его. После оставления Москвы, попросив увольнения под предлогом поправки здоровья, Михаил Богданович покинул войска. Кутузов ответственность за потерю древней русской столицы возложил на неудачное управление войсками на первом этапе войны. То есть на Барклая. Пока удрученный полководец ехал в свое лифляндское имение, толпы народа выкрикивали проклятия ему вслед и называли изменником. От будущего Михаил Богданович не ожидал ничего хорошего. Жене он написал: «Готовься к уединенному и скудному образу жизни, продай все, что ты сочтешь излишним, но сохрани только мою библиотеку, собрание карт и рукописи в моем бюро».
Желая все же оправдать себя в глазах царя, Барклай направил ему несколько посланий и внезапно получил довольно любезный и ободряющий ответ. С одной стороны, царь указывал на ошибки генерала, ключевой из которых в глазах Александра было оставление Смоленска. По версии царя, именно этот первый на пути врага «истинно русский город» должен был стать пределом отступления. С другой стороны, император ясно давал понять Барклаю, что высочайшее доверие им не утрачено, и осуждал его отъезд из войска.
«Я предполагал, что вы будете довольны остаться при армии и заслужить своими воинскими доблестями, что вы и сделали при Бородине, уважение даже ваших хулителей. Вы бы непременно достигли этой цели, в чем я не имею ни малейшего сомнения, если бы оставались при армии, и потому, питая к вам неизменное расположение, я с чувством глубокого сожаления узнал о вашем отъезде. Несмотря на столь угнетавшие вас неприятности, вам следовало оставаться, потому что бывают случаи, когда нужно ставить себя выше обстоятельств… Я никогда не забуду существенных услуг, которые вы оказали Отечеству и мне, и я хочу верить, что вы окажете еще более выдающиеся. Хотя настоящие обстоятельства самые для нас благоприятные ввиду положения, в которое поставлен неприятель, но борьба еще не окончена, и вам поэтому представляется возможность выдвинуть ваши воинские доблести, которым начинают отдавать справедливость».
Поддержанный императором, Барклай возвратился на поле брани и в Заграничных походах возглавил объединенную русско-прусскую армию. В 1814 году он командовал войсками империи в битве у стен Парижа и за взятие французской столицы получил чин генерал-фельдмаршала. Казалось бы, его репутация полностью очищена перед современниками и потомством. И все же это не совсем так. Его роль в победе 1812 года замалчивалась, о ней попросту не вспоминали. Позже было решено поставить перед Казанским собором в Петербурге памятники Кутузову и Барклаю. Пушкин прочитает это символическое действие так: «Здесь зачинатель Барклай, а здесь совершитель Кутузов». Но Николай I ставил скульптору Борису Орловскому задачу прямо противоположным образом: отразить, что победой 1812 года Россия была обязана Кутузову, а окончательным разгромом Наполеона – Барклаю. На тот же замысел, по наблюдению прекрасного ученого Андрея Тартаковского, намекают изображения полководцев в Военной галерее Зимнего дворца. Кутузов там предстает на фоне заснеженных полей Родины, а за спиной Барклая ясно различим Париж.
Только много позже публицистика, мемуаристика и литература XIX века очертили реальную роль Барклая в Отечественной войне. Наиболее громкой его апологией стало стихотворение Пушкина «Полководец».