Такие требования впервые — по крайней мере в теории — показали, что права владельцев вотчин отныне ограничиваются. Царь также ограничил право бояр служить в армии по старшинству в семье. Эти же меры Иван пытался внедрить и в ряды служителей церкви, которые играли важнейшую роль в легитимности его зарождавшейся империи. Царствование он начал с паломничества в Троице-Сергиев монастырь, бывший в средние века центром московской религиозной жизни. Принимаясь за реформы, Иван созвал специальный Собор Примирения, на котором укорил бояр за неверность государю, но также сам покаялся в грехах и призвал ко всеобщему покаянию.
В связи с тем, что имперские притязания основывались как на религиозных, так и на мирских мотивах, Иван сделал попытку привнести порядок и дисциплину не только в государство, но и в церковь. Если священники пьяны, монахи корыстолюбивы, а писания неверно переведены, то какова цена всех разговоров о «Третьем Риме»? В 1551 году он созвал церковный собор, представив на его рассмотрение длинный перечень вопросов, всего 100, отсюда и название — Стоглавый Собор. Подобно византийскому императору, царь самолично принял участие в дебатах. Состоявшиеся ранее — в 1547 и 1549 годах — соборы подтвердили притязания церкви на собственную «великую традицию». Теперь царь желал укрепить внутреннюю дисциплину церкви, чтобы сделать ее более достойной великой миссии и убедить духовенство уступить ему часть владений, необходимых для раздачи людям, привлекаемым на военную службу.
Собор узаконил ряд мер, укрепляющих дисциплину в приходах и монастырях и повышающих требования к служителям церкви. Также был рассмотрен вопрос о том, следует ли пересматривать писания и практику ритуалов с целью приведения в соответствие с греческими образцами. Собор решительно поддержал существующую практику, включая крещение двумя поднятыми пальцами, а не тремя, как было принято во всем православном мире, включая Новгород, и высказался в защиту существующих текстов писаний. Собор воспротивился желанию Ивана провести широкую секуляризацию церковных земель, но согласился на некоторое ограничение их размеров.
Проблема с решениями Стоглавого Собора заключалась в том, что в последующие бурные десятилетия оказалось невозможным обеспечить их претворение в жизнь. Поэтому в XVII веке почти всю реформаторскую работу пришлось проделать заново. Тогда же вновь встал вопрос об обрядах и текстах писаний.
Иван IV представлял собой набожного, грамотного и впечатлительного молодого человека. Его представление о мире и собственных обязанностях было пропитано монашеским аскетическим духом, как если бы он совершенно серьезно воспринял положение о «Третьем Риме», которому суждено стать царством Божьим на земле. В то же время идеалы царя оказались явно слишком возвышенны, суровы и труднодостижимы. В результате временами Иван то впадал в искреннее раскаяние, то предавался безудержным оргиям сладострастия и садизма. Надрыв, свойственный его натуре, возможно, явился результатом воспитания, но усилился благодаря той обстановке, в которой проходило его правление, правление главы империи, провозгласившего возвышенную религиозную и мирскую миссию на основе неадекватных ресурсов и не утвердившейся традиции.
Поэтому неудивительно, что вскоре программа реформ оказалась забытой, а Иван и вся империя в целом погрузились в пучину разрушительного внутреннего кризиса. В 1553 году царь начал третью военную кампанию — после Казанской и Астраханской — на этот раз против ливонских рыцарей. Цель кампании состояла в обеспечении выхода к Балтийскому морю и облегчении таким образом контакта с европейскими странами. Первоначальные успехи сменились неудачами, когда Литва вторглась в Московию и война стала более дорогой и даже разорительной. В 1560 году умерла любимая жена Ивана, Анастасия. И это событие еще более усилило нестабильность его характера. Вскоре царь рассорился с несколькими членами Избранной Рады.