Один из них, князь Андрей Курбский, покинув войско, перешел на сторону противника. Находясь в безопасности, Курбский опубликовал серию разоблачительных писем, рассчитанных на дискредитацию царя. В этих письмах поднимались вопросы, имевшие фундаментальное значение для понимания нового стиля монархии, с которым, в принципе, Курбский соглашался. Он не был сторонником свободы удельных княжеств, нельзя назвать его и либеральным гуманистом западного типа. Князь верил в религиозную миссию Руси и в абсолютную монархию как средство выполнения миссии, но считал, что для этого монархия должна соблюдать законы, как собственные, так и божественные. Называя Русь «святой русской землей», Курбский обвинял Ивана IV в том, что тот оскверняет ее своим грешным, непристойным поведением. Назвав русские армии «сильными в Израиле», князь поставил в вину царю избиение и убийства собственных воевод. Иван отверг обвинения и упреки Курбского, бросив часть из них в лицо беглецу, но все же основное внимание в своем ответе сконцентрировал на утверждении, что власть дарована ему Богом, и следовательно, поступок князя — просто измена и вероломство. Каждая из сторон в этой переписке верила в особую миссию Руси и самодержавие, но взгляды на моральные и правовые обязательства, возлагаемые на самодержца, различались.
Иван был убежден, что суровые и даже жестокие меры оправданны, когда высшая власть должна публично продемонстрировать силу. Он намеревался положить конец системе уделов, при которой каждый член княжеской семьи волен сам решать, какому господину служить: это вдвойне опасно для царя в период войны с Литовским княжеством, претендующим на роль «собирателя русских земель». В особенности царь опасался притязаний на трон со стороны своего двоюродного брата, князя Владимира Старицкого, наиболее влиятельного из удельных князей. В то же время он остро нуждался в земле, которой мог бы расплатиться со своими воеводами: простейший способ состоял в конфискации земли у тех же непокорных бояр.
Осенью 1564 года литовское наступление, поддержанное Курбским, совпало с набегом крымского хана Девлет-Гирея. Московскому войску удалось отбить этот двойной удар, но случившееся лишь подчеркнуло драматическую уязвимость страны, и Иван отреагировал в своей привычной, резкой и непредсказуемой манере. В декабре 1564 года царь внезапно выехал из Москвы и поселился в Александровской слободе, небольшой княжеской резиденции, находящейся к северо-востоку от столицы. Оттуда он прислал опешившим боярам, священникам и чиновникам послание, в котором обвинил всех в измене и расхищении казны. Если они хотят, чтобы он вернулся на трон, писал царь, пусть дадут ему право учредить собственный удел, опричнину, который позволит получать средства на содержание двора и армии, и даст возможность по своему усмотрению наказать предателей, казнокрадов и еретиков.
Отъезд царя был чисто театральным жестом, выразившим чувство непосильной ответственности, легшей на него одного, и ощущение изоляции и отторженности, но вместе с тем отразившим драматическую беспомощность страны, оказавшейся без сильного правителя. Как и ожидалось, бояре принялись умолять царя вернуться и согласились принять все его требования. За этим последовала еще одна театральная сцена взаимного покаяния и показного прощения, после чего Иван приступил к исполнению задуманного.
Царь разделил территорию страны на две части, в одной из которых, опричнине, ему принадлежала вся власть, без каких-либо ограничений, тогда как другая часть, земщина, управлялась Боярской Думой в соответствии с существующими традициями. В опричнину входили обширные земли на севере и востоке, некогда принадлежавшие Новгороду, а также некоторые города и районы в пределах удельного княжества Московского. Земли бояр, живших на территории опричнины, были экспроприированы и розданы приближенным царя, сами же бояре получили другие владения, но уже в земщине. Такой обмен лишил многих бояр, включая Старицких, родовых корней, оторвал от мест, где они могли найти поддержку, и дал полную свободу действий опричникам, «избранной тысяче», награжденным деревнями и крестьянами.
Некоторых из бояр казнили, многих сослали в отдаленные области. Стандартным было обвинение в ереси или измене. Процесс не шел гладко: Иван раздавал награды не за благородное происхождение, а за верность и преданность лично ему. Общая тенденция заключалась в укреплении служилой знати за счет бояр, но до конца эту задачу решить так и не удалось, и бояре остались значительной силой.