Обстоятельства избрания Годунова представляют определенный интерес, так как отмечают тот момент, когда царь и народ могли выработать некий договор. Годунов несколько раз отказывался от предлагаемого ему трона. По мнению историка Ключевского, участвовавшие в работе собора бояре полагали, что он примет грамоту, определяющую пределы его власти. Разыграв «комедию молчания», отказавшись как от короны, так и от подписания какой-либо грамоты, ограничивающей власть царя, Годунов поставил собор в безвыходное положение: его участники должны были либо предложить ему традиционно неограниченную власть вотчинника, либо открыть путь к потенциально разрушительной борьбе за трон. Нет ничего удивительного в том, что делегаты поставили на первое место стабильность, и Годунов стал царем без каких-либо ограничений его власти. Ключевский не одобряет подобное поведение Годунова: «Борис был не наследственный вотчинник Московского государства, а народный избранник, начинал особый ряд царей с новым государственным значением. Чтобы не быть смешным или ненавистным, ему следовало и вести себя иначе, а не пародировать погибшую династию с ее удельными привычками и предрассудками».
Таким образом, большинство боярских родов с самого начала были недовольны новым царем. Основную поддержку оказала Борису служилая знать, обеспокоенная тем, что многие крестьяне уходят к более богатым хозяевам или в монастыри, соблазненные лучшими условиями. Борис отреагировал на жалобы тем, что ограничил право крестьян на переход и облегчил процедуру возвращения «беглых». При этом он попытался установить жесткий контроль над казаками и мелкими землевладельцами южных приграничных регионов.
Раскол в обществе усиливался, и Борис поручал слугам шпионить за своими соперниками и врагами: некоторых заточил в тюрьму, других убил, третьих сослал в отдаленные районы страны. Ссылки, конфискации и казни множились, напоминая о зловещих временах Ивана IV, прозванного Грозным. Все эти несчастья можно было бы стерпеть от царя, получившего трон по наследству, но Бориса избрали, а из этого следовало — его можно заменить. Последней каплей стали неурожайные 1601–1603 годы.
Не пришлось долго ждать и претендента на престол, объявившего, что он является сыном Ивана IV, Дмитрием, избежавшим смерти в Угличе. К нему тут же потянулись многочисленные и разнообразные сторонники: бояре, завидовавшие Годунову, служилые люди, желавшие получить поместья побольше, казаки, намеревавшиеся вернуть былые свободы, крестьяне, ожидавшие освобождения от налогов. Хотя представители всех слоев и объединились под одним знаменем, их интересы и стремления были противоречивы. И никакой правитель — сколь бы искусным он ни был — не сумел бы свести их воедино. Однако внезапная смерть Бориса в апреле 1605 года открыла ворота столицы прежде, чем разногласия удалось преодолеть.
Хаос усугубился иностранной интервенцией — польско-литовской и шведской. Желая воспользоваться слабостью грозного восточного соседа, эти государства послали войска для подкрепления собственных территориальных, религиозных и династических притязаний. На протяжении нескольких последующих лет Московию раздирали боярские междоусобицы, социальные перевороты и войны. Властвовали или боролись за власть три самозванца: один ведущий боярин, Боярская Дума, один польский князь и триумвират из представителей служилой знати. Этот период в истории России получил название Смутного времени.
И все же Московия не распалась, и в 1613 году, когда пестрый и позорный парад претендентов подошел к концу, Земский Собор избрал нового царя, Михаила Романова, происходившего из знатной боярской семьи, соперничавшей с Годуновыми. Объяснить это можно тем, что ощущение определенного единства и общей судьбы заставило ссорящиеся группировки найти достаточно крепкое основание, чтобы сообща изгнать из столицы иностранцев и восстановить верховную власть. То, каким образом страна поднялась при отсутствии законного царя, дает право предположить, что Московия обладала потенциалом для выхода за рамки династического наследования и для создания собственного национального государства.