Успешное разрешение кризиса Смутного времени в огромной степени способствовало укреплению позиций православной церкви, доказавшей, что в период национального расстройства именно она способна поднять народ на общее дело и оказать финансовую помощь возрождению. Кроме того, Михаил Романов, будучи в момент прихода к власти молодым человеком, во многом полагался на своего отца, митрополита Филарета, который в 1619 году стал патриархом и фактически до самой смерти в 1633 году оставался соправителем. Некоторое время казалось, что самодержавие и патриаршество стали партнерами, причем патриарху отводилась роль старшего.
Однако сама церковь переживала поворотный период, связанный с распространением новых религиозных идей, идущих с Запада в условиях, когда еще была жива память об ужасах иностранной интервенции. Наиболее грозной опасностью представлялся контрреформаторский католицизм Польши, проникавший через униатскую церковь. К середине XVII века сформировалось реформаторское движение, которое стремилось достигнуть высокого интеллектуального уровня католиков, очищая православную церковь от побочных обычаев и распространяя ее учение среди простого народа.
В 1630-х годах группа приходских священников, называвших себя ревнителями благочестия, начала агитировать в пользу проведения радикальной церковной реформы. Ревнители благочестия были обеспокоены широким распространением в народе пьянства, разврата, языческих обрядов и суеверий. Причину подобных явлений они видели в низком образовательном и моральном уровне духовенства, небрежном проведении ритуалов церковной службы, что, по их мнению, препятствовало постижению рядовыми прихожанами подлинной сути веры. В особенности ревнители благочестия критиковали практику многогласия, когда различные части богослужения осуществлялись одновременно. Ревнители рекомендовали усилить дисциплину, регулярно поститься, поднять значение таких таинств, как причащение и исповедь.
Эта реформаторская программа — нечто общее с протестантизмом XVI века в Европе — в то же время твердо уходила корнями в традицию митрополита Макария и с гордостью признавала религиозную миссию Москвы. Священники этого направления привлекали внимание зажигательными, страстными проповедями; особенно отличался протопоп Аввакум, некогда заволжский крестьянин, ставший неистовым защитником традиционных, простых русских ценностей, противопоставляя им западную хитрость. Его обличения мирских пороков, свойственных пастве, вызывали ненависть многих. Ревнители пользовались влиянием в патриархии и при дворе, особенно после болезни царя Алексея Михайловича в 1645 году. Его личный духовник, Степан Вонифатьев, так же симпатизировал ревнителям благочестия, как и два главных советника, Борис Морозов и Федор Ртищев.
Еще одним бывшим заволжским крестьянином, вознесшимся на волне движения ревнителей благочестия, был мордовский монах Никон, весьма внушительная фигура, ближайший друг царя Алексея и митрополита Новгородского. В 1652 году он стал патриархом, приняв титул «великого государя», и пользовался реальной мирской властью во время отсутствия царя, как, например, в 1654 году, когда началась война с Польшей.
Если ревнители благочестия надеялись через Никона оказать решающее влияние на церковную политику, то жестоко ошиблись. Да, он выполнил некоторые требования их программы, в частности, запретив многогласие и продажу водки в святые дни. Но приоритеты Никона оказались совсем другими, а цели отличались крайней амбициозностью. Ревнители ограничивали свой взгляд на мир Московией и стремились лишь сделать церковь более образованной, морально чистой и близкой к народу. Никон же хотел создать теократию, в которой церковь встанет над государством и возглавит имперскую экуменическую миссию экспансии и спасения. В то время, когда Иван Нерозов, один из вождей ревнителей, выступал против войны с Польшей, опасаясь катастрофических последствий и дальнейшего распространения ереси, Никон приветствовал ее как возможность укрепить положение государства и церкви и подталкивал Богдана Хмельницкого к восстанию против поляков во имя православия. Никон поддерживал тесные связи с восточными патриархами и хотел, чтобы русская церковь возглавила православие: ведь после завоевания Константинополя турками те уже не могли выполнять эту роль. Другими словами, Никон совершенно серьезно воспринял теорию о Москве как «Третьем Риме», считая, что это означает создание единой христианской империи.