Контакты с греческими и украинскими священнослужителями позволили ему осознать различия между русской и византийской церковными службами, которые обсуждались на Стоглавом Соборе. Никон ускорил работу по сверке текстов писаний и исправлению церковных книг с тем, чтобы Россия была готова к экуменической роли, которую должна была, по его замыслу, сыграть на Украине и, возможно, на Балканах. Весной 1653 года Никон выпустил новый псалтырь, а также издал инструкции, требовавшие внесения изменений в некоторые обряды, включая переход на крещение тремя пальцами. С самого начала реформы столкнулись с протестами священников, недовольных как самими изменениями, так и тем, что те вводились не канонически, без церковного собора. Не обращая никакого внимания, Никон упрямо шел вперед, уверенный в поддержке царя, и в течение нескольких последующих лет осуществил ряд мер, которые, не имея догматического значения, тем не менее вызвали неприятие верующих, считавших обряды и веру неразрывно связанными друг с другом.
В 1655 году Никон созвал церковный собор и, опираясь на поддержку греческих сторонников, заставил принять обрядовые реформы. Получив одобрение светской власти, он принялся избавляться от противников, отправляя их в ссылку. К этому времени, однако, забеспокоился и Алексей, почувствовавший угрозу собственной власти со стороны патриаршества, тем более представленного такой самоуверенной и амбициозной личностью, как Никон. При назначении Никон заставил царя поклясться, что тот будет повиноваться ему во всем, что касается церковных дел, — вещь для XVII века весьма нераспространенная. В качестве митрополита Новгородского он сопротивлялся подчинению монастырей своего прихода Монастырскому приказу, органу государственной администрации, и боролся против вмешательства светских судов в то, что считал делами, подлежащими церковной юрисдикции. Став патриархом, Никон продолжал следовать той же линии поведения.
Поначалу Алексей уступал, но затем, набравшись опыта и уверенности, начал беспокоиться: ведь если церковь приобретет слишком большое влияние, то сможет помешать усилиям государства по мобилизации ресурсов страны путем введения новых налогов и раздачи земли дворянам. Не нравился царю и высокомерный тон бывшего «задушенного друга». Своенравие и властность, проявленные Никоном при проведении реформ, подтвердили опасения Алексея и привели к ухудшению отношений царя и патриарха.
Оскорбленный явной холодностью Алексея, Никон в июле 1658 года неожиданно и театрально отказался от сана патриарха, прервав на середине церковную службу. Объявив, что чувствует себя недостойным столь высокого поста, Никон сорвал одеяния патриарха и натянул простую монашескую рясу. Жест показного смирения, конечно, был рассчитан на то, чтобы заставить Алексея пойти на уступки, но вызвал совершенно противоположный эффект. После долгих колебаний и душевных терзаний царь принял его отставку.
Разрыв, конечно, был вызван вовсе не спором по поводу реформ Никона. Алексей проявлял к ним не меньший интерес, чем сам патриарх, так как считал, что такие реформы укрепят положение государства в союзе с церковью. Устранив инициатора реформ, царь сам покровительствовал их проведению. Таким образом, нововведения тесно связывались не только с церковью, но и с государством: роковое развитие.
Церковный Собор 1666–1667 годов, снова проводившийся в присутствии восточных патриархов, не только одобрил текстуальные изменения и обрядовые нововведения, но и предал анафеме всех, кто отказывался принять их. Было также аннулировано решение Стоглавого Собора 1551 года по этому вопросу — поворотное событие не только в церковной политике, ведь Собор 1551 года закрепил идеологию, выраженную митрополитом Макарием. Символично, что Собор 1666 года осудил легенду о «белом клобуке», получившую широкое распространение среди простого народа: согласно этой легенде византийская церковь, предавшая православную веру на Флорентийском Соборе, была наказана тем, что ее столица, Константинополь, пала под натиском турок, и миссия защиты христианской веры перешла к русским. Осуждение предания подразумевало отказ от всей концепции «Москва — Третий Рим». Цари никогда явно не высказывались в поддержку «Третьего Рима», но все же решение собора значительно ослабляло теоретическую основу самодержавной власти.
Таким образом, Собор 1666–1667 годов превратил яркий национальный миф в наследство тех, кто противостоял государству и его усиливающемуся космополитическому взгляду на мир. В русском национальном сознании появилась трещина, так никогда полностью и не затянувшаяся. Староверы, следуя безупречной логике, указывали — все предшествующие цари и епископы придерживались обрядов, признанных столь ужасными, что заслужили анафему. «Если мы раскольники, — говорили они, — то тогда раскольники были и святые отцы, и цари, и патриархи». Староверы обвиняли Никона в разрушении древнего благочестия и внедрении чуждого римского влияния.