В отсутствие В. И. Вернадского работу возникшей еще в годы Первой мировой войны Комиссии по изучению естественных производительных сил (КЕПС) координировал его ученик А. Е. Ферсман. В мае 1920 года он выехал на Кольский полуостров во главе комплексной научной экспедиции для изучения русского Севера. Экспедиция обнаружила богатые залежи фосфатов в Хибинских горах, а также другие полезные ископаемые. Ферсман быстро сделал научную карьеру, став академиком в 35 лет.
Российская Академия наук продолжала заниматься как прикладными, так и фундаментальными исследованиями. Под руководством П. П. Лазарева велось изучение Курской магнитной аномалии. В. И. Вернадский, вернувшийся из большевизированного Крыма, в конце 1921 г. преобразовал бывшую комиссию по радию при КЕПС в полномасштабный институт радия с двумя отделениями — физическим и химическим. Вскоре после этого он передал руководство своему заместителю В. Г. Хлопину, а сам с разрешения правительства принял приглашение посетить Париж и отправился за границу.
Ученые активно участвовали как в прикладных разработках так и в фундаментальных исследованиях. Так, Ф. А. Цандер разрабатывал теорию реактивных двигателей, Н. И. Вавилов сформулировал закон гомологических рядов в наследственной изменчивости. Одновременно велись исследования по рентгенографии кристаллов и полупроводников, по решению задач теории вероятностей и математической статистике и др.
В 1920-е годы возобновилось членство Российской. Академии науж в международных организациях. Советские ученые начинают участвовать в международных конференциях, в заграничных научных экспедициях. Первым официальным выступлением такого рода стал доклад Н. И. Вавилова и А. А. Ячевского на международном конгрессе по борьбе с болезнями хлебных злаков в 1921 году в США. Развертывались совместные научные исследования: В. И. Вернадский и Д. В. Скобелицын работали в Радиевом институте в Париже, В. В. Бартольд участвовал в создании Тюркологического института в Стамбуле, начал выходить «Германо-русский медицинский журнал». В 1925 году состоялся первый после Октября международный форум ученых — III лимнологический (лимнология — наука о пресных водах) конгресс. Широко праздновалось 200-летие Российской Академии наук, тут же переименованную в Академию Наук СССР. На это торжество прибыли свыше 130 ученых из 25 стран.
А между тем марксистский метод утверждался в научной работе медленно и более чем своеобразно. Ученые вынуждены были так или иначе реагировать на новейшие изыскания в западном и российском обществоведении с целью их либо утилизации, либо «классового» отторжения. Несомненно, исследования И. П. Павлова об условных рефлексах, как и школа В. М. Бехтерева вполне стыковались с вульгарно-материалистическими представлениями о возможностях воспитания нового человека. Но в начале XX века мировому обществоведению был брошен вызов со стороны фрейдизма — марксистам, как и всем позитивистам, предстояло ответить, какое место занимает сфера бессознательного в сознательно направляемом движении к светлому будущему.
Опыт соединения Маркса и Фрейда бььл известен еще до революции. В мае — июне 1922 года в Москве возникло Русское психоаналитическое общество. В 1923 году заявляет о себе литература так называемого фрейдомарксизма. Начало было положено статьей Б. Быховского «О методологических основах психоаналитической теории Фрейда», опубликованной, как ни странно, в журнале «Под знаменем марксизма». Здесь была сделана попытка слить в нечто цельное «субъективную психологию» с основами рефлексологического бихевиоризма Павлова и Бехтерева, причем фрейдизм подавался как вариант теории последнего. Последовали новые публикации, авторы которых уверяли, что марксизм и фрейдизм взаимодополняют друг друга. Естественно, скоро последовали возражения со стороны блюстителей чистоты марксизма, доказывавших, что фрейдизм является еще одним свидетельством декадентского вырождения буржуазной мысли. Тем не менее, на протяжении 1920-х годов споры вокруг фрейдизма не утихали.