Тем не менее родовые распри вскоре дали советским руководителям предлог вмешаться в политическую жизнь Хорезма и отстранить местных лидеров от власти. С сентября начались массовые беспорядки, которые настроили новое правительство против туркменских племен, протестовавших в связи с казнью восьми их предводителей. Через своих представителей в Хорезме советские власти предложили миссию примирения, которая лишь осложнила конфликт. По инициативе советского представителя был созван съезд туркменов из Хорезма, на котором из-за разногласий еще больше усугубился внутренний кризис. В марте 1921 года накануне всеобщего съезда Хорезма (курултая) обстановка накалилась.
Остро стоял вопрос об избирательном праве. Правительство младохивинцев отказалось принять предложение недавно образованной Хорезмской компартии, которой руководили Джума Нияз Султан Мурад, первый председатель ревкома, образованного в 1918 году в Янги-Ургенче, и русский посланец Сафаров, бывший командующий войсками в Фергане. Их целью было исключить из избирательных списков представителей «паразитических» слоев населения, а также привилегированных социальных классов. Народные демонстрации, организованные 4 марта, привели к свержению правительства и замене его коалицией из двух узбеков, туркмена, киргиза и одного местного комсомольца. Несмотря на устранение наиболее влиятельных азиатских лидеров, новое правительство далеко не продвинулось по пути социализма. Собственность оставалась в частных руках, а всеобщее избирательное право не было ограничено по социальным критериям. В мае 1921 года собрался II Всеобщий съезд Хорезма. Он попытался разрешить племенные проблемы широкой амнистией.
Тем не менее советское давление заметно усиливалось, несмотря на некоторую разрядку ситуации. Российский представитель в Хиве Бык сменил Сафарова, который был причастен к отставке Пахлевана Нияза. В ноябре 1921 года вмешательство Быка в политическую жизнь привело к тому, что правительство Хорезма обвинили в контрреволюционной деятельности, а некоторых его членов расстреляли или посадили в тюрьму.
После устранения глав местных движений из политической жизни, а во многих случаях их ликвидации Хорезмская народная республика представляла собой эфемерное явление. Партия, комсомол и Кошчи Иттифаки в отсутствие местного руководства имели больше теоретическое значение, чем реальное, потому что данные организации утратили способность к эффективным действиям. Газеты, публиковавшиеся во время существования Хорезмской народной республики, «Инкилаб кояши» и «Кызыл Хорезм» не смогли сохранить свою хрупкую независимость, а в ходе постоянных чисток 1922 и 1923 годов и вовсе самоликвидировались.
Бухара уступает военной силе России
Судьба Бухары очень похожа на судьбу Хорезма, хотя население обеих этих народных республик весьма отличалось друг от друга в определенных отношениях. В июле 1920 года Советскому правительству, закончившему военные операции на Украине и подчинившему Хиву, оставалось лишь устранить угрозу со стороны Бухары.
В эмирате обстановка созрела для советского вмешательства. Эмир с 1920 года запретил торговлю с Россией и Туркестанской АССР. Экономическое положение было тяжелым. У Бухары не было достаточных ресурсов для поддержки населения. Эмират лишился 70 % поголовья скота. Земли больше не орошались. Народное недовольство достигло крайнего предела. Для Советов было важно воспользоваться этим недовольством, пока бухарцы вновь не обернули свою ярость против русских, как они поступали много раз под руководством своих религиозных лидеров. Такое развитие событий на фоне басмаческого движения создавало серьезные проблемы.
В Туркестанской АССР у Советов были союзники в борьбе с Бухарой в лице младобухарцев и Бухарской компартии. Сторонники этих организаций бежали из эмирата и действовали вне Бухары с 1917 года. Бухарская компартия была основана в 1918 году в Ташкенте из незначительного числа младобухарцев, которые высказались за вступление в партию. Ряды партии выросли в период между 1918 и 1920 годами за счет русских эмирата. Большинство младобухарцев оставалось вне партии. Они образовали в феврале 1920 года Бюро революционеров Бухары, за что подвергались критике со стороны Бухарской компартии. Сближения между младобухарцами и партией не происходило до лета 1920 года, когда обе организации объединились в преддверии неминуемых военных операций советской власти.
До самого конца младобухарцы противились вмешательству Красной армии, веря в возможность народного восстания. Телеграмма от Фрунзе, уведомляющая их о начале операции, пришла в то время, когда младобухарцы обсуждали целесообразность такого шага на съезде в Чарджоу. Эмир оставил свою столицу, подвергавшуюся артобстрелу, сопротивление представлялось бесполезным. Он пытался реорганизовать войска в Восточной Бухаре. 2 сентября город Бухара был занят. Власть в городе взял ревком, сформированный из большинства младобухарцев под председательством Фаизуллы Ходжаева.