Военное положение России и внутренняя обстановка в Средней Азии не позволяли какого-либо резкого шага. Ленин ждал до июня 1920 года, когда прекратятся военные операции на Украине. ЦК Российской компартии объявил, что членство мусульман недопустимо в Тюркской комиссии, и прислал в Среднюю Азию новых членов, включая М. В. Кагановича, Георгия Сафарова и Якова Петерса, для проведения там партийной чистки. Петерс предъявил обвинение коммунистам Средней Азии в попытках захвата власти, в подмене распространения коммунистических идеалов националистической и панисламской пропагандой и в поддержке басмачей.
Сразу же последовали санкции. Все националисты, поддерживавшие Турара Рыскулова, были исключены из партии. Региональное Мусульманское бюро было распущено и заменено менее представительной организацией, члены которой назначались по рекомендации Тюркской комиссии. Таким же образом местные националисты утратили властные посты.
Однако в октябре 1920 года Советы не сделали ту же ошибку, которую совершили тремя годами ранее. Они обеспечили широкое представительство коренных жителей как в партии, так и в администрации. Отказавшись сотрудничать с представителями местного среднего класса, они последовательно заменяли их неопытными рабочими. Отсутствие интеллекта и политических знаний ставило их в подчиненное положение русским в партии и властных органах. Наряду с первой Тюркской комиссией на укомплектование партии были присланы в Среднюю Азию 40 опытных коммунистов. Неграмотные узбекские и казахские рабочие стали игрушками в их руках. Приняв эти меры, Ленин оставался верным линии, выработанной на съезде в Баку.
Мусульмане требовали, чтобы в колониальных условиях, когда отсутствовал сознательный и организованный пролетариат, приоритет отдавался скорее национально-освободительной, чем социальной борьбе, и чтобы местной буржуазии дали возможность руководить либеральным движением. Коминтерн, в лице Г. Е. Зиновьева, Бела Куна, К. Радека и М. Павловича, отнесся негативно к этим требованиям. Борьба за социальное освобождение выдвигалась на первый план и по необходимости могла сочетаться с борьбой за национальное освобождение. Местной буржуазии в таких условиях нельзя было доверять руководство движением, которое следовало поручить, в отсутствие пролетариата, беднейшему крестьянству. Таковы были принципы, которые советские власти внедряли в Средней Азии в конце 1920 года. Создание Союза бедных дехкан (Кошчи Иттифаки) стало, по их представлениям, началом классовой борьбы.
Казахи и Алаш Орда
Во время революции 1917 года в Степном крае господствовал полный хаос. Но, хотя политического единства не существовало, наличие многочисленных военных сил формировало реальность, которая определяла эволюцию региона в течение почти трех лет. С одной стороны, действовали казачьи формирования, атаманы которых хотели создать свои правительства. Так, атаман Дутов во главе оренбургского казачества пытался организовать правительство Уральско-Оренбургской области. Утвердившийся в Омске вместе с белогвардейцами адмирал Колчак, пытавшийся спасти монархию, также нуждался в распространении своей власти на степи. Наконец, лидеры Алаш Орды полагали, что пробил час их автономии. Они считали, что могли обеспечить ее, связав свою судьбу с силами русских, враждебных революции.
Лидеры Алаш Орды созвали третий казахский съезд в Оренбурге с 5 до 13 декабря 1917 года. Съезд провозгласил автономию казахского народа и избрал исполком под председательством Алихана Бокейханова. В исполком также вошли такие деятели, как Байтурсинов и Джиханшах Досмагамбетов. Создание единой централизованной администрации для этого огромного региона, населенного родами, часто враждебными друг другу, в условиях Гражданской войны в России не представлялось возможным. Это побудило лидеров нового правительства разделить регион на две административные зоны. Западную Алаш Орду, которая распространялась на уральские провинции и управляла Внутренним жузом, возглавлял Джиханшах Досмагамбетов. Восточная Алаш Орда, отданная под управление Алихана Бокейханова, включала Семиречье, Семипалатинск и Акмолинск. Тургайская область не входила в нее.
В начале 1918 года большевики заняли Оренбург и захватили часть железнодорожной линии Оренбург – Ташкент, разорвав, таким образом, единство Алаш Орды. Каждая зона должна была организовываться сама по себе и обращаться к ближайшим союзникам. Если их что-то объединяло в этот период изолированного существования, то не программа Алаш Орды, на которую у них были различные взгляды. Их объединяло стремление, выраженное на третьем казахском съезде Бокейхановым, предотвратить распространение большевизма в Степном крае. Таким образом, западная Алаш Орда связала свою судьбу с башкирскими и оренбургскими казаками, в то время как восточной Алаш Орде приходилось контактировать с Колчаком.