Попытки заключить союз с Алаш Ордой не увенчались успехом. Эмир Бухары, враждебный правительству, в котором доминировали либералы и который поддерживали джадиды, отказался принять эмиссаров Коканда, прибывших с просьбой о помощи. Он также опасался совершить действие, которое послужило бы Ташкенту предлогом обратить слишком пристальное внимание на эмират. Коканд попытался затем договориться с торговцами оружием, но снова потерпел провал.
В январе 1918 года Коканд решил выпустить заем, который позволил бы ему продержаться. Этот заем спровоцировал внутренний кризис, в результате которого Танышбаев ушел в отставку, а сменил его на посту председателя правительства Мустафа Чокаев. Хотя подписка на заем осуществилась за пять дней, правительству Коканда тем не менее не удалось закупить оружие, необходимое для защиты. В январе 1918 года был прорван Оренбургский фронт белых, и Ташкент запросил помощи у Москвы.
На четвертом региональном съезде Советов Колесов потребовал, чтобы «контрреволюционный» характер режима в Коканде был как следует заклеймен. Вернувшись к тезисам III Всероссийского съезда Советов, который провозгласил принцип самоопределения на классовой основе, он объявил конфликт между Ташкентом и Кокандом не национальным, а социальным. В его представлении это был конфликт буржуазного правительства с народом. Похоронный звон для Коканда прозвучал 14 февраля 1918 года, когда войска Оренбургского фронта осадили город и взяли его 18 февраля. Коканд разграбили и частично разрушили. Красные войска учинили бойню жителям города. Мустафе Чокаеву удалось бежать.
Крах Кокандской автономии был неизбежен, поскольку у нее не было достаточных политических сил и средств. В то же время автономия не пользовалась поддержкой широких слоев населения. И все же это эфемерное правительство имело большое значение. Это было первое проявление открытой оппозиции советской власти в виде местной автономии. Оно породило басмаческое движение, которое продолжило сопротивление включению региона в Советский Союз.
Движения за независимость в Туркмении, Хиве и Бухаре
Обстановка в Туркмении сразу после Октябрьской революции была такой же, как в Фергане с ее двоевластием. С 17 февраля усилилось брожение среди туркменской интеллигенции.
После падения Временного правительства туркмены собрались на региональный съезд, который выбрал Национальный исполком во главе с полковником Оразом Сердаром. Советские власти созвали съезд туркменских крестьян, который выступил против Национального исполкома и поддержал Советы с участием туркменов в областях, городах и деревнях. Советы сформировали туркменскую Красную гвардию, в то время как Национальный исполком, который вначале утверждал, что преследует исключительно социалистические цели, стал претендовать на власть, развернул агитацию в сельской местности и обеспечивал себя военными ресурсами. Эскадрон царской туркменской кавалерии, дислоцированный в Ашхабаде, составлял основу туркменской армии. В феврале 1918 года войска Колесова разгромили туркменов, их оппозиционное движение и установили власть Советов.
Два других региона, которые представляли угрозу для советской власти, были Хивинское ханство и Бухара. Они имели важное стратегическое значение. После Февральской революции эмир Бухары, уступая давлению либералов и теневой деятельности Миллера, русского резидента, сохранившегося от царского режима, провозгласил в манифесте от марта 1917 года несколько реформ, которые, казалось, могли преобразовать теократическое государство в парламентскую монархию. Но через месяц, опасаясь распространения в эмирате политической агитации и предполагая, что советская власть обременена слишком большими проблемами, чтобы заниматься Бухарой, вновь призвал к себе своих консервативных советников. Он отверг реформы и поставил либералов вне закона.
Либералы спасались в русских городах эмирата и в Туркестанском крае. Они нашли поддержку со стороны Советов, в которых доминировали большевики, открыто выступавшие против Временного правительства. Сначала джадиды искали помощи у правительства в Коканде, которое не располагало такими возможностями, а затем обратились к Колесову. Фаизулла Ходжаев убедил его, что народное восстание, готовое разразиться в Бухаре, ожидает только помощи извне. Колесов поверил и 1 марта 1918 года начал поход на Бухару. Он полагал, что сможет ограничиться демонстрацией силы, которая вызовет внутри эмирата восстание, обещанное джадидами.
Но эмир, заставивший его прождать 48 часов в Кагане под предлогом ведения переговоров об условиях манифеста, который он собирался провозгласить, захватил обманом русских парламентеров и предал их казни. Затем, выиграв время для подготовки к бою, сорвал перемирие, отказавшись подписать манифест, который был целью предприятия русских. Колесов приступил к штурму Бухары, но столкнулся не только с войсками эмира, но и с сопротивлением местного населения, подстрекаемого муллами и ставшего щитом для армии.