Однако старая вражда между либералами и консерваторами во время революционных потрясений не прекратилась. Сразу после большевистской революции Улема Джамиати во главе с Шерали Лапиным предприняло попытку сотрудничества с новым режимом. Третий региональный съезд в Ташкенте провозгласил 15 ноября 1917 года власть Советов на всем юге Средней Азии и принял решение о создании Туркестанского Совета народных комиссаров (Турксовнарком). В то же время собралась третья конференция мусульман Средней Азии. На ней доминировали лидеры Улема Джамиати. Съезд, однако, занял по отношению к новой власти критическую позицию, вопреки давлению консерваторов. С этого времени напряженность в отношениях между русскими и коренными жителями только нарастала.
Российский съезд Советов должен был принять решение относительно предложений о сотрудничестве со стороны Шерали Лапина, который выступал за создание коалиционного правительства с половиной мест для консерваторов, а также относительно требований автономии, выдвинутых мусульманским советом. Съезд высказался против автономии и, более того, выступил против участия представителей Средней Азии в правительстве. Резолюция Колесова гласила: «В данное время допустить мусульман в революционное правительство невозможно потому, что отношение местного населения к власти Советов внушает сомнения. А также потому, что коренное население не имеет пролетарских организаций, которые [большевистская] фракция могла бы пригласить в высшие органы регионального управления».
Негативная позиция съезда Советов сплотила все мусульманские политические организации вокруг мусульманского центрального совета, который принял решение созвать четвертую конференцию мусульман юга Средней Азии в Коканде.
Конференция с участием около 200 делегатов открылась 25 ноября. Большинство делегатов прибыли из Ферганы, поскольку в сложной обстановке передвижение по региону было затруднено. Фергана прислала 150 делегатов, Сырдарьинская область – 22, Самарканд – 23, Бухара – 4 и Закаспийский край – 1.
Участники конференции собрались, чтобы обсудить свою позицию в отношении большевиков, а также вопрос о создании государства, предложенный атаманом Дутовым. Это государство должно было включать казачьи области Урала, Оренбурга, Сибири и Средней Азии. Конференция была призвана определить, какой будет власть в Средней Азии. Хотя одна из организаций настаивала на провозглашении автономии, большинство было склонно вести дело тактично с установившейся в России властью. Оно отвергло предложения Дутова. Большинство решило вести с Ташкентом переговоры об автономии юга Средней Азии в составе будущей российской федеративной республики на основе большевистской национальной программы.
Переговоры в Ташкенте с русскими лидерами – Колесовым, Успенским и Полтарацким – далеко не продвинулись, и в конце ноября съезд в Коканде провозгласил автономию юга Средней Азии. Избранный совет состоял из 36 мусульман и 18 русских, а правительство из 12 министров, под названием Правительство автономного Туркестана, возглавлялось сначала Танышбаевым, затем Мустафой Чокеевым. Таким образом, главами первого правительства коренных жителей юга Средней Азии были казахи. В Коканде существовал также Совет рабочих.
Власти Ташкента не сразу отреагировали на образование независимой власти, потому что в конце 1917 года не располагали средствами для вооруженного вмешательства в Коканде. Войска генерала Дутова отрезали Ташкент от Москвы, а городской совет был слишком слаб и уязвим, чтобы пойти на риск внешних экспедиций. Обе власти просуществовали одновременно почти два месяца.
Коканд попытался распространить свою власть на весь юг Средней Азии. В начале декабря мусульмане провели демонстрации в Ташкенте под лозунгами автономии, однако совету удалось преодолеть местные беспорядки. Некоторые комитеты рабочих и крестьян связали свою судьбу с Кокандом. В январе Коканд, воспользовавшись такой поддержкой, потребовал, чтобы Москва признала автономное правительство единственной законной властью на юге Средней Азии. В ответе, сформулированном Сталиным, отвергалась соперничающая власть и напоминалось, что Советы автономны и должны опираться на народные массы, оказывающие им поддержку.
Правительство Коканда, не располагая военной силой, попыталось утвердиться посредством народного голосования. В январе 1918 года Коканд объявил о своем намерении созвать Учредительное собрание на основе всеобщего голосования всего юга Средней Азии, отведя немусульманам до трети мест. Предлагая это, лидеры Коканда были более щедры, чем Учредительное собрание России, которое не предоставило в нем мест среднеазиатам. В целях самозащиты Коканд отчаянно искал союзников и деньги. В декабре 1917 года Мустафа Чокаев провел переговоры с Дутовым, но после предварительного обсуждения пришел к выводу, что требования Дутова неприемлемы.