Колесову пришлось отступать в ужасных условиях. Бухарцы преследовали его по тем путям, где были уничтожены водоемы, опрокинуты телеграфные столбы и разобраны рельсы. Таким образом, первая попытка Советов покончить с независимостью Бухары завершилась полным провалом. В результате эмир, который до этого цеплялся за нейтралитет, отказываясь поддержать Коканд в борьбе против советских властей, стал непримиримым врагом Советов. Все его усилия направлялись на укрепление своей армии, закупку оружия, упрочение связей с Персией и Афганистаном, а также поддержание жесткого внутреннего порядка, исключавшего либерализм.
Одновременно начались басмаческое и контрреволюционное движение, иностранная интервенция. Все это придало особое значение позиции Бухары, которая стала реальным очагом оппозиции Советам. Эти события задержали на два года решение советским правительством судьбы двух последних независимых государств Средней Азии. Сложное положение ташкентских властей ухудшилось в связи с падением Оренбурга 1 июля 1918 года. Средняя Азия оказалась снова отрезанной от Москвы, а местные Советы стали уязвимыми для нападения с трех фронтов.
Главная опасность советской власти в Средней Азии в период 1918–1919 годов исходила от поддержки контрреволюционных сил британскими войсками. Вмешательство Великобритании в дела Средней Азии после Октябрьской революции было вызвано ее озабоченностью политическими переменами в регионе. До этого времени она фактически препятствовала доступу на Ближний Восток и в Индию Турции и центрально-европейским державам, заняв надежные позиции в регионе. Крах Российской империи вызвал хаос по соседству с британской сферой интересов. В ответ на такую опасность Великобритания развернула несколько военных миссий, включая миссию генерала Л. Ч. Денстервиля и генерала У. Маллесона соответственно в Баку и Закаспийской области.
Там после туркменских волнений в начале 1918 года установившееся спокойствие было снова взорвано в результате непопулярных политических мер Ашхабадского Совета, который приказал провести перепись населения. Это спровоцировало широкую волну возмущения в июне 1918 года, перешедшего в восстание, которое началось в Ашхабаде, где повстанцы сместили совет и пообещали новые выборы.
Ташкент послал специального комиссара Фролова восстановить спокойствие. Он взялся за выполнение этой задачи посредством кровавых репрессий, которые лишь расширили сферу восстания. Когда Фролов прибыл в Кызыл-Арват, повстанцы убили его. Ашхабадские мятежники захватили власть, создав правительство Транскаспийской области. Оно выступило с предложениями к властям в Ташкенте, вскоре отвергнутыми, о сосуществовании двух правительств до созыва Учредительного собрания юга Средней Азии.
Чтобы отвести угрозу нападения со стороны Ташкента, новое правительство обратилось за помощью к генералу Маллесону в Иране, который обещал ее оказать. Оно также вело переговоры с движением, возглавляемым Оразом Сердаром, которое потерпело поражение в феврале. Сердар принял командование над войсками Закаспийской области.
И опять же местное правительство оказалось слабым из-за недостаточной поддержки населения. Голод, беспорядки и большевистская пропаганда способствовали росту анархии в Закаспийской области, и, когда Красная армия атаковала туркменские войска, они не были поддержаны народным восстанием. В феврале 1919 года британское правительство решило отозвать своих солдат из региона. Вскоре началось наступление Красной армии, а в июле 1919 года полковник Сердар был вынужден покинуть Ашхабад, после чего красные овладели Кызыл-Арватом. К концу 1920 года недолгое существование правительства Закаспийской области завершилось.
С 1918 года такие инциденты, как антибольшевистский мятеж Осипова в Ташкенте, продолжались, и власти в Москве постоянно беспокоило ухудшение политического положения в регионе. Басмаческое движение и протесты местного населения против эксцессов русских заставили Москву вмешаться. В апреле 1918 года для расследования ситуации был прислан П. А. Кобозев. Первым итогом его миссии стало провозглашение 30 апреля Ташкентской автономной республики и формирование нового исполкома Совета, в котором участвовали десять коренных жителей.