В июне 1918 года в Ташкенте собрался первый региональный съезд Российской партии большевиков, чтобы заложить основы местной партии. Под давлением из Москвы съезд стремился выработать способы привлечения коренного населения к поддержке советского режима путем избрания местных жителей в правительство, вступления в партию и призыва в армию. Ташкентские власти, однако, игнорировали эти рекомендации, и конфликт между властями и населением сохранялся. В начале 1919 года, когда Гражданская война в России пошла на убыль, поскольку Закаспийскую область наконец поставили под контроль, и угроза интервенции была снята, московское руководство решило проводить в Средней Азии новую политику. Оно сочло целесообразным как можно больше образованных людей принять в партию. Большевики надеялись, что местная партийная элита заполнит брешь между советской властью и населением.
На второй региональной партийной конференции в марте 1919 года Кобозев учредил региональное бюро мусульманских организаций Российской компартии. Откликаясь на призыв войти в партию, местные жители во главе с джадидами вступали в нее массовым порядком. Крах ряда правительств Средней Азии убеждал их, что успех противоборства с устоявшейся властью вряд ли возможен, поэтому, соглашаясь, они, надеялись повлиять со временем на политику властей благодаря своей численности. Региональное бюро приветствовало вступление лидеров местных либеральных движений, таких как Турар Рыскунов (1894–1937) и Турсун Ходжаев. Они же, став членами партии, ревностно вербовали в нее своих соотечественников. В конце мая 1919 года на первой конференции коммунистов Средней Азии мусульмане открыто подвергли критике большевиков, заявляя: «Мы были вынуждены выносить враждебное отношение представителей бывших привилегированных классов к местным жителям. Такое отношение сохраняется и среди тех, которые считают себя коммунистами и которые, находясь во власти, рассматривают коренных жителей как своих подданных».
В течение последующих месяцев продолжала неуклонно возрастать численность коренных жителей в партийных рядах и государственной структуре. Мусульмане, сотрудничавшие с коммунистами, выдвинули свою концепцию будущего Средней Азии. Они возвратились прежде всего к идее различения национальностей. На пятом региональном съезде партии в январе 1920 года коммунистам удалось обеспечить большинство мест в Мусульманском бюро и совместно с третьей конференцией туркестанских коммунистов проголосовать за превращение Туркестанской автономной республики в Автономную Тюркскую республику. Их коммунистическая организация стала Тюркской коммунистической партией. Резолюция гласила, чтобы все тюркские народы России объединились вокруг Тюркской республики, предложив таким образом центр притяжения тюркским народам, которые переместились за границы царской империи. Итак, благодаря голосованию мусульманских коммунистов, оживилась старая мечта о великом Туркестане.
Тем временем, как мусульмане вступали в массовом порядке в Коммунистическую партию, чтобы реализовать свою национальную идею, войска советской Первой армии соединились с Актюбинским фронтом, восстановив связь Средней Азии с Россией. Незамедлительно Тюркская комиссия, включавшая В. В. Куйбышева, М. В. Фрунзе и других, была направлена в Ташкент, чтобы навсегда решить проблемы, порожденные конфликтом между коренными жителями Средней Азии и русскими.
Московские власти, которым не давали покоя предупреждения Фрунзе о невозможности защитить революцию, когда к ней враждебно относится коренное население, не понимали, к каким последствиям ведут меры, отстаиваемые Кобозевым. Тюркская комиссия занималась главным образом чисткой рядов русских коммунистов от перебежчиков из структур старого режима и социальными вопросами местных жителей. Очень скоро после первой попытки избавиться от русских шовинистов и колониалистов стало ясно, что проблема в конце 1919 года коренилась в рекомендациях, которые давала партия.
Местные лидеры не придавали большого значения роли рабочих в развитии нации, и они, по существу, требовали изменения самого состава Тюркской комиссии. Весной 1920 года А. З. Валидову (Тоган), отстаивавшему башкирскую автономию, было поручено просить Ленина включить в Тюркскую комиссию столько же мусульман, сколько русских. Эти события, особенно когда они последовали за докладами Фрунзе, который подчеркивал, что уступки мусульманам активизируют антисоветское басмаческое движение, убедили Ленина, что неконтролируемое сотрудничество с местными националистами невозможно.