Таким образом, Бухарская народная республика изменила свой первоначальный курс. Младобухарцы, бывшие вначале приверженцами радикальных социальных реформ и союзниками большевиков, постепенно стали тормозить реформы и оппонировать большевикам. Более того, заменив таджикский язык, который до сих пор оставался государственным «культурным» языком, тюркским языком, младобухарцы вернулись к идее борьбы за более крупное тюркское государство на территории Средней Азии. Фитрат, тогда бухарский министр образования, взялся за реформирование обучения в медресе и спешную подготовку кадров для молодого государства. Он посылал учащихся в немецкие университеты.
Политические взгляды, которым следовали джадиды, обратившиеся в коммунистов, в Бухарской народной республике нашли отражение в программе, выдвинутой мусульманами Туркестанской АССР (Рыскуловым и Нарбутабековым) на съезде в Баку в сентябре 1920 года. Коммунизм следует приспособить к специфике Востока путем внедрения социалистической доктрины в традиционные экономические, социальные, интеллектуальные и особенно религиозные структуры. «Национальная революция» должна иметь приоритет над социальной. В отсутствие пролетариата руководство движением следует предоставить местной буржуазии. Необходимо относиться терпимо к сотрудничеству различных социальных слоев в борьбе за осуществление национальных интересов и планов социалистического строительства. Руководство Коминтерна осудило эти требования и вернуло антиколониальную революцию к более марксистскому образцу путем замены гегемонии беднейшего крестьянства гегемонией пролетариата, притом что он отсутствовал. Каким образом, осудив теоретически тезисы Туркестанской АССР в Баку, советское правительство могло смириться с их применением в Бухаре?
В 1920 году режиму пришлось мириться с правлением младобухарцев точно так же, как он мирился с Алаш Ордой и джадидами Туркестанской АССР, чтобы избежать ситуации, похожей на ту, что существовала между 1917 и 1919 годами. В 1920 году в связи с угрозой басмаческого движения советское правительство не могло не предполагать столкновения с народом Бухары и опасалось народного взрыва беспрецедентного масштаба.
В 1921–1923 годах обстановка постепенно менялась. Советская власть отразила иностранную интервенцию и стала сильнее. Одна за другой терпели поражение революции в Европе. Становилось ясно, что социализму пришлось отступать, по крайней мере на время, на завоеванные позиции и попытаться продвинуться на Востоке. В этих условиях, как их представляли себе марксисты, абсолютно необходимы были сила и единство советского правительства. Заново приходилось отстраивать сильное государство, подавлять центробежные тенденции. Следовало также покончить с социализмом «применительно к конкретным условиям Востока», чтобы не показывать внешнему колониальному миру пример искаженного, антизападного социализма, который противоречил марксистскому принципу пролетарского единства. Необходимо было провести реорганизацию всех национальных правительств на территории бывшей Российской империи. Тем не менее в то время правильным считалось использовать Красную армию для ликвидации правительств, которые не отвечали социалистическим требованиям, но недопустимо было подавлять военной силой народные республики. Вот почему интеграция Средней Азии осуществлялась главным образом политически, путем борьбы с «отклонениями», отмечаемыми с 1922 года, склоняя тем самым восточные территории скорее к национализму, чем к социализму и классовой борьбе.
Басмачи и Энвер-паша
Советскую интеграцию осложняло басмаческое движение, рожденное в Фергане. Тот самый регион, который за несколько лет до революции был свидетелем протестного движения дехкан, переживал волнения в обстановке отчуждения собственности и нищеты местных жителей. Протестное движение так и не исчезло и с течением времени приобретало отчетливо антирусский характер. После падения кокандских властей многие мусульманские лидеры, спасаясь от карательных действий Красной армии, объединялись с дехканами, что придавало борьбе как националистический, так и религиозный характер. Меры большевиков с 1919 года были направлены на подавление басмаческого движения, но от этого популярность басмачей среди местного населения не уменьшилась.
После 1920 года революции, произошедшие в Хиве и Бухаре, способствовали распространению басмаческого движения на другие регионы. К нему присоединились новые сторонники, сначала Джунаид-хан, Алим-хан и их сподвижники, а затем и большое число представителей среднего класса, которые находились во власти в 1920 году и переметнулись к басмачам после столкновений с русскими. Наконец несчастные дехкане народных республик, обманутые обещаниями аграрной реформы, которая так и не осуществилась, были также вовлечены в движение.