В марте 1923 года проводилась первая конференция представителей южных среднеазиатских республик – Туркестанской АССР, Бухарской народной республики и Хорезмской народной республики. Перед участниками конференции была поставлена задача разработать основы общей экономической политики, и с этой целью был учрежден Среднеазиатский экономический совет. Надлежало интегрировать в российскую систему финансы, общественный транспорт и связь Бухарской и Хорезмской народных республик. Приоритетной сферой деятельности юга Средней Азии стали орошение, торговля, сельское хозяйство и др. Еще сохраняя в правовом отношении статус независимых государств, Бухара и Хорезм включились в безвозвратный процесс объединения. Более того, в преддверии интеграции в 1923 году значительное внимание уделялось предотвращению сопротивления со стороны местных кадров.
В Хорезмской республике после чисток 1921–1922 годов число противников советских планов резко сократилось. В начале 1923 года в Хиву прибыло около 30 русских коммунистов. В октябре 1923 года четвертый съезд изменил республиканскую конституцию, лишившую «паразитические» элементы права голоса, а годом позже пятый съезд принял решение под давлением Красной армии (позже описанное в красочном и, видимо, сомнительном отчете) преобразовать народные республики в социалистические для последующей интеграции в Советскую федерацию.
Преобразование Бухарской народной республики проходило с некоторыми трудностями. После бегства некоторых членов правительства вместе с Энвер-пашой новое правительство формировалось под руководством Фаизуллы Ходжаева. Абдурауф Фитрат занял в нем пост министра иностранных дел. Оставшись в Бухаре, они пытались сохранить то, что осталось от независимости, искали помощи отовсюду. Неформальные контакты с Турцией и Афганистаном не дали положительных результатов.
После 2 февраля 1922 года, когда Бухарская компартия вошла в компартию России, чистки бухарских коммунистов происходили так же, как в коммунистических организациях Туркестанской АССР и Хорезмской республики. На четвертой «расширенной конференции ответственных рабочих республик и национальных регионов» в июне 1923 года Сталин, подвергая критике Султана Галиева, осудил правительство Бухары, в котором, по его мнению, не было ничего народного. В июле Я. Е. Рудзутак, председатель Тюркской комиссии, добился при содействии Бухарской компартии ареста всех ведущих деятелей правительства и всеобщей чистки административного аппарата. Затем все бывшие чиновники, служащие, состоятельные торговцы и земельные собственники были исключены из политической жизни и лишены права голоса. Крупные предприятия и личные состояния зажиточных людей были конфискованы. В то же время было объявлено о начале аграрной реформы.
Наконец, 19 сентября 1924 года делегаты V съезда единодушно проголосовали за упразднение народных республик и замену их социалистическими республиками. Они выразили желание, чтобы различные национальности бывшего эмирата отныне стали гражданами в собственных национальных государствах. Через семь лет после революции, расколовшей Российскую империю на части, большевистское руководство занялось восстановлением единства и реорганизацией в рамках Советской федерации национальностей. В то время как советское правительство вышло победителем в болезненном процессе формирования СССР, поражение коренных жителей Средней Азии было тем более тяжелым, что они приняли его вполне сознательно.
Создание автономного туркменского региона в 1921 году, а затем в апреле 1922 года киргизского региона открыло путь к реорганизации Средней Азии на национальной основе. Советская власть, встревоженная попытками объединения мусульман в 1920 и 1924 годах, признавала необходимость территориальной и политической реорганизации, но ее проекты не совпадали с местными чаяниями. Казахские националисты отстаивали идею великого Казахстана. Соответственно киргизы и узбеки выступали за великую Киргизию и великий Узбекистан. Младохивинцы боролись за великий Хорезм, объемлющий узбеков Туркестанской АССР. Между тем большинство в Бухаре разделилось на тех, которые поддерживали идею независимого исламского государства, и тех, которые выступали за великий Туркестан, объединяющий узбеков Туркестанской АССР, башкир и киргизов.