В 1928 году разразился конфликт, после того как казахские власти приняли в 1927 году под диктовку местной компартии жесткие меры в рамках аграрной реформы против русских и украинских поселенцев. Советское правительство отреагировало мгновенно. На шестой региональной партийной конференции в ноябре 1927 года подверглась осуждению активность оппозиции и платформа «троцкистско-зиновьевского блока», не вызывавшая сомнений на пятой конференции. Все казахские лидеры были сняты с должностей, а секретариат Казахской компартии передан под руководство русского большевика Ф. И. Голощекина, который занялся расселением кочевников без видимого успеха. В 1932 году его заменили армянином К. И. Мирзояном, который устранил казахов из правительства.
Местное руководство было физически ликвидировано начиная с 1935 года. Большая часть населения, сломленная голодом 1921 года и экономическими последствиями «перехода от кочевого к оседлому образу жизни» после 1928 года, человеческие потери, понесенные в этот трагический период, тотальное отстранение от власти национального руководства после 1938 года, а также наплыв русских и украинских крестьян и рабочих после Второй мировой войны обеспечили интеграцию казахов в советское сообщество.
Судьба киргизов после 1924 года была едва ли отличной. Роль национальных лидеров была значительной в период создания республики. Турар Рыскунов сотрудничал со Сталиным в 1922 году в московском Комиссариате национальностей в качестве помощника комиссара. Затем он стал заместителем председателя Совета министров РСФСР.
Как и в Казахстане, конфликт русских с киргизами возник по вопросу перехода к оседлости кочевников и коллективизации, что сопровождалось уничтожением скота и голодом. В течение 1928–1930 годов национальное руководство было ликвидировано, а в 1935 году Абдулькерима Сидикулова, одного из киргизских плановиков, обвинили в руководстве вооруженным контрреволюционным движением против коллективизации. Обвиненные в «сидиковщине», все ведущие киргизские деятели были уничтожены. Рыскулов исчез во время беспредела 1937 года в Москве. Запустили другую ересь под названием «рыскуловщина». Таким образом, после 1928 года борьба в Степном крае и нагорье, в которой советская власть противодействовала ведущим местным политикам, подошла к концу с ликвидацией тех среднеазиатских деятелей, которые могли возглавить сопротивление.
Ликвидация национального руководства на юге
В Узбекистане джадиды сплотились вокруг советской власти в 1924 году. Первым председателем Бухарской народной республики стал Файзулла Ходжаев, который состоял в этой должности в течение четырех лет. Здесь сопротивление советской власти осуществлялось, как и в Степном крае, в экономической, социальной и культурной сфере одновременно. Первые столкновения произошли по поводу приверженности группы чагатайской народности к древнему литературному языку Западного Туркестана.
Экономический и социальный конфликты возникли в связи с выращиванием хлопка, которое советский режим стремился увеличить, как до него царское правительство. Местные кадры, которые во время революции предвидели опасности экономической зависимости в случае выращивания монокультуры, настраивали население против приказов, исходящих от центрального правительства. Советские лидеры расценивали это как активное национальное сопротивление. Узбеки же просто хотели сохранить свою идентичность во всех сферах.
Конфликт, начавшийся с 1930 года, закончился в 1938 году в Москве, когда Файзулла Ходжаев, председательствовавший в ЦИК СССР, и Акмаль Икрамов, первый секретарь Узбекской компартии, были осуждены на показательном процессе над «троцкистским и правым блоком» и казнены 13 марта 1938 года наряду с Н. И. Бухариным и А. И. Рыковым. В Узбекистане жертвами репрессий стали образованные национальные кадры. Так завершились отношения России с национальными деятелями.
В период коллективизации между 1930 и 1936 годами в Таджикской ССР вновь возродилось басмаческое движение. Дехкане массами присоединялись к мятежникам в горах. Советским войскам понадобились годы, чтобы подавить их. Две волны чисток уничтожили тех, кто открыто сочувствовал басмачам. В 1933 году Насратуллу Максума, председателя республики, и Абдуррахмана Хаджибай-заде, премьер-министра, обвинили в ЦК компартии СССР в «потере бдительности» и провале сельского хозяйства. Также их обвинили в скрытых националистических, шовинистских и антирусских настроениях. Басмаческое движение было остановлено, и многие повстанцы бежали в соседний Афганистан. В 1937 году вторая чистка ликвидировала тех, кто остался от национального руководства. Председатель республики Шотемар и глава правительства Рахимбай-заде были обвинены в «националистическом уклоне», в принадлежности к «троцкистам» и «бухаринцам». Среди их наиболее выдающихся помощников, пострадавших от репрессий, оказались министр общественного образования Хасан-заде и три секретаря Таджикской компартии.