Уверенность, что условия, предписанные ему в 1868 году, должны быть смягчены, не покидала эмира Бухары. Сразу же после заключения мирного договора в июне 1868-го Музаффар попросил дозволения, чтобы его четвертый и любимый сын Абдулфаттах-хан учился в Петербурге. Несмотря на то что император и Кауфман дали согласие, мятеж Абдул-Малика не позволил этому плану осуществиться. В июле 1869 года эмир решил послать своего любимца в Петербург в качестве номинального главы миссии, чтобы ходатайствовать перед императором о возвращении Бухаре территорий, завоеванных русскими. Хотя до покорения ханств правителям Центральной Азии было отказано в прямых сношениях с императорским правительством, после заключения договора 1868 года такие сношения допускались в качестве особой любезности. Коканд отправил в Петербург посольство вскоре после подписания своего договора в феврале 1868 года. Однако возможности таких посольств были ограничены чисто церемониальными функциями. В Петербурге в октябре 1869 года слова Кауфмана, что он обладает всеми правами решать вопросы на месте, были повторены бухарским послам еще раз. Александр II и его министры не только отказали эмиру в его просьбе, но и подтвердили, что отношения с соседними ханствами – это прерогатива генерал-губернатора Ташкента и Петербург не станет принимать непосредственного участия в этих делах. На обратном пути домой в марте 1870 года юный принц и сопровождавший его посол сделали в Ташкенте последнюю попытку добиться возвращения Самарканда, но она также не имела успеха.
Несмотря на то что возвращение Самарканда Бухаре неоднократно обсуждалось в России зимой 1869/70 года, на тот момент оно было невозможным шагом для Петербурга ввиду неопределенного будущего русско-бухарских взаимоотношений. Первоначальной причиной того, что дружба эмира дрогнула, мог стать отказ России в его просьбе помочь ему подчинить Шахрисабз осенью 1868 года. Другим фактором, способствовавшим усилению напряженности в отношениях с Россией, стали действия эмира на востоке ханства в 1869–1870 годах. После шести-семимесячной кампании в 1869 году войска Музаффара захватили Гиссар и Куляб, беки которых никогда не признавали власти эмира и поддержали мятеж Абдул-Малика. В начале 1870 года войска Бухары подошли к Каратегину. Вплоть до лета предыдущего года Каратегин де факто был независимым, хотя формально подчинялся Коканду. В то время как войска Бухары устанавливали ее власть в Гиссаре и Кулябе, кокандские войска вошли в Каратегин и, захватив в плен его правителя Музаффар-шаха, отправили его в Коканд и посадили на его место Шир-Али. После покорения Куляба Бухара обвинила Шир-Али, что он поддерживал бывшего бека Куляба Сари-хана. Бухарские войска вошли в Каратегин и помогли племяннику Музаффар-шаха Рахиму изгнать Шир-Али. Хан Коканда пожаловался в Ташкент, что Бухара вторглась в его владения. Генералу фон Кауфману как представителю державы, от которой зависели оба ханства, важно было не допустить столкновения между ними, поскольку проигравший затаил бы обиду на Россию. Решив, что письмо, согласно которому Шир-Али участвовал в борьбе Сари-хана с Бухарой, было фальшивкой, Кауфман посоветовал эмиру вернуть Каратегин Коканду и убедить Худояра отложить задуманную им экспедицию для возвращения этой провинции. Однако в это время Шир-Али был схвачен бухарцами при попытке отвоевать Каратегин. Тогда Кауфман предложил компромисс. Эмир должен был освободить Шир-Али, а Худояр – Музаффар-шаха и снова сделать его правителем Каратегина. Бухара и Коканд согласились на план Кауфмана, но Мухаммад Рахим успешно отбил попытку Коканда вернуть правление в руки его дяди и продолжил править Каратегином как независимым государством еще шесть лет. Несмотря на то что посредничество России в споре за Каратегин, возможно, усилило ее влияние, оно мало чем помогло снизить напряженность между Ташкентом и Бухарой. Кауфмана, безусловно, задела попытка эмира вступить в переговоры с Петербургом через его голову. Кроме того, как считал Милютин, его также рассердило, что Музаффар предпринял экспедицию в Гиссар и Куляб без его ведома и согласия. Музаффар, со своей стороны, был разочарован неудачей миссии своего сына в России и, возможно, тоже чувствовал себя задетым восстановлением власти Коканда над Каратегином. Несмотря на заключенное в конце 1869 года соглашение между Кауфманом и эмиром, позволявшее каждому из государств преследовать грабителей на территории другого и ставшее необходимым из-за распространения на границе беспорядков, которые сопутствовали вспыхнувшей в восточной части Бухары междоусобице, к весне 1870 года Ташкент смотрел на Бухару с большим подозрением.