В начале 1869 года Кауфман доложил Милютину, что в Бухаре растут антирусские настроения и что Музаффар колеблется между страхом перед Россией и страхом перед эмиром Кабула и британским протеже Шир-Али. Вопреки уверениям Стремоухова, что центральноазиатская коалиция против России является «несбыточной фантазией», Кауфман в январе и феврале 1870 года по-прежнему предупреждал о планах Шир-Али усилить свою позицию на Амударье и втянуть Бухару, Шахрисабз и Хиву в антирусский альянс. В марте и апреле Кауфман сообщал Милютину о своих подозрениях, что Бухара ведет переговоры с Турцией, а также с Хивой и Афганистаном.
Более того, в феврале 1870 года эмир так и не заплатил причитающийся остаток контрибуции. Эта и другие причины, как, например, то, что уход русских из Самарканда может быть воспринят населением Центральной Азии как слабость, были приведены британскому послу в Петербурге сэру Эндрю Бьюкенену в качестве оправдания продолжающейся оккупации Самарканда русскими. Предложение, сделанное Кауфманом в январе или в начале февраля, что он вернет Самарканд эмиру, если тот прибудет в этот город и примет его лично из рук Кауфмана, было сделано либо с целью публично унизить Музаффар ад-Дина, либо с пониманием, что протокол и собственная гордость не позволят эмиру принять его. В любом случае предложение было отклонено, и русская администрация по-прежнему твердо держала город в своих руках.
Русско-бухарское урегулирование, 1870–1872 гг
Чтобы прояснить намерения Бухары, Кауфман в середине мая 1870 года отправил туда посольство под началом коменданта Джизакского уезда полковника С.И. Носовича. В то же время генерал Абрамов в Самарканде сделал примирительный жест, приурочив к прибытию Носовича пропуск большого количества воды из Заравшана в Бухару. После крайне сухой зимы ханство страдало от острой нехватки воды. В Бухаре Носович обнаружил конкурирующее посольство от Шир-Али и подтвердил, что Музаффар ведет переговоры с Хивой и с Турцией. После некоторого колебания, вызванного угрозами со стороны афганцев, эмир в начале июня решил остаться верен России, возможно, из опасения, что в антирусском альянсе ему придется нести все тяготы борьбы в одиночку. Он тепло принял Носовича и попросил русских о помощи в защите Бухары от Афганистана. В особенности ему хотелось получить в дар четыре тысячи винтовок, а также техническую и военную помощь от русских мастеров по изготовлению пушек, оружейников и офицеров, способных обучить его армию. Носович не стал обнадеживать эмира, а просто посоветовал изложить свою просьбу в письме к генерал-губернатору. На русского посланца произвело впечатление, что Музаффар посчитал дружбу Кауфмана более надежной, чем дружба всех его мусульманских соседей.
Поскольку Россия уже более года обсуждала с Англией создание в Центральной Азии нейтральной зоны, или пояса буферных государств, Кауфман отказал эмиру в его просьбе о военной помощи. Более того, он предостерег Музаффара от открытого разрыва с Афганистаном и посоветовал ограничиться удержанием правого берега Амударьи. Тем не менее миссия Носовича на время улучшила атмосферу во взаимоотношениях двух стран. Кауфман с оптимизмом сообщил Горчакову об успехах Носовича: «Эмир твердо решил придерживаться своего альянса с Россией. Он отверг всякую связь с планами Кабула и Шахрисабза… Он видит свое спасение только в дружбе со своим могучим соседом, в отношении которого готов действовать как подвластный, почти как вассал».