С 1868 по 1875 год любимцем России среди центральноазиатских ханств был Коканд. В июле 1875 года такое положение дел резко закончилось, когда внутренние распри, десятилетиями раздиравшие Коканд до прихода России в Центральную Азию, вспыхнули снова. Ситуация была гораздо более серьезной, чем хивинская проблема с туркменами, поскольку в Коканде произошло всеобщее восстание, направленное не только против хана Худояра, но и против России. Восставшие даже осадили Ходжент. Худояр бежал в русский Туркестан, а его сын Насреддин был провозглашен ханом. Кауфман пришел в Коканд, разбил повстанцев и в сентябре 1875 года вошел в столицу. Он заключил договор, в котором Насреддина признавали ханом Коканда, а тот, в свою очередь, отдавал России половину ханства, находящуюся на правом берегу Сырдарьи, и обещал выплатить контрибуцию. Таким образом, Кауфман давал Коканду последний шанс сохранить автономию. Однако после ухода русских войск новый хан оказался не способен поддерживать порядок и вскоре вслед за своим отцом бежал в Россию. Генерал-губернатор приказал генерал-майору М.Д. Скобелеву занять оставшуюся часть ханства, и в феврале 1876 года Коканд вошел в состав русского Туркестана под названием Ферганская область. Так первое из трех зависимых от России государств Центральной Азии утратило автономию из-за своей неспособности удовлетворить минимальные требования Петербурга по поддержанию внутренней стабильности.
Во время проведения кокандских операций Бухара демонстрировала такое же внешнее дружелюбие и вместе с тем напряженное ожидание, как и во время кампании в Хиве. И только после поражения Коканда в 1875 году Музаффар передал Кауфману полученное летом от Насреддина письмо, в котором тот просил помощи Бухары в войне против России. Вопреки своей обычной практике, эмир провел зиму 1875/76 года в Шахрисабзе вместе со своей армией, чтобы удобней наблюдать за событиями в Коканде. Возможно, он еще подумывал об отвоевании Самарканда, если русские потерпят поражение в Ферганской долине. Пребывание Музаффара в Шахрисабзе в сочетании с восстанием в Коканде и слухами о предстоящем нападении на русских эмира Каратегина спровоцировало беспорядки в горных районах Верхнего Зарафшана, которые оказались настолько серьезными, что генерал Абрамов из соображений безопасности приостановил караванную торговлю между Самаркандом и Бухарой. В начале 1876 года по просьбе Ташкента Музаффар со своей армией ушел из Шахрисабза в Бухару, и после этого Верхний Зарафшан успокоился.
Аннексия Коканда не только укрепила престиж Музаффара за счет устранения соперничавшего с ним за русские милости Худояра, но и сделала возможным прямое вхождение в Бухару Каратегина и Дарваза. Эти два удаленных горных княжества в течение двух с половиной веков сохраняли фактическую независимость, лавируя между двумя более сильными соседями, Бухарой и Кокандом. Их независимость ненамного пережила падение Коканда. Во время восстания в Коканде эмир Каратегина Мухаммад Рахим предоставил убежище многим беглым повстанцам и, как говорили, готовился вторгнуться в Коканд и Ура-Тюбе. После окончательной аннексии Коканда генерал Скобелев, военный губернатор новой Ферганской области, просил у Кауфмана разрешения войти в Каратегин и покарать Мухаммада Рахима. Кауфман отказал, поскольку теперь он признавал сюзеренитет Бухары как над Каратегином, так и над его южным соседом Дарвазом. После этого Кауфман потребовал, чтобы Музаффар заменил Мухаммада Рахима на того, кто относился бы к России дружелюбно и изгнал из Каратегина всех, кто настроен против русских. Мухаммад Рахим отказался явиться к эмиру на аудиенцию и весной 1876 года попытался достичь согласия с Кауфманом. Кауфман, убежденный в неискренности эмира, 6 июля снова написал Музаффару, повторив свои прежние требования. К началу августа эмиру удалось навязать отдаленной провинции свою волю. Мухаммад Рахим отправился под арест в Бухару, а эмир назначил правителем Каратегина Мухаммадшаха-бия (которого называли также Мухаммад Саид), приказав ему действовать в соответствии с пожеланиями Кауфмана.
На следующий год Музаффар по неизвестной причине послал своего самого способного генерала Худойназара-аталыка арестовать Мухаммада Саида и управлять Каратегином как бухарским бекством. Некоторые члены смещенной правящей семьи Каратегина нашли прибежище в русском Туркестане, где получили пенсион от русских властей, считавших, что они могут оказаться полезны против эмира Бухары, если тот когда-нибудь будет создавать проблемы. Однако до тех пор, пока эмир играл роль доброго соседа и надежного союзника, Ташкент держал этих изгнанников на коротком поводке. В начале 1880-х годов один из них попытался настроить население Каратегина против эмира, но Кауфман предупредил его, что, если он не прекратит свою деятельность, его выдадут эмиру.