Тремя проблемами, не решенными договором 1873 года, с которыми Кауфман столкнулся практически сразу, были рабство, юрисдикция над русскими подданными в Бухаре и туркменская угроза на территориях, прилегающих к Амударье. Несмотря на то что договор запретил работорговлю в ханстве, он, в отличие от договора с Хивой, не запретил самого института рабства. Обстоятельства поражения Бухары в 1868 году не дали России такой свободы действий, как в 1873 году в Хиве. В результате она гораздо медленнее двигалась к запрету рабства. То, что институт, повсеместно осужденный в западном мире, продолжит существовать в Бухаре – даже как чисто внутреннее дело ханства, – было немыслимо. Представители цивилизационной миссии западного мира, в которой Россия занимала свое место, стали бы слишком громко возмущаться. В 1873 году вскоре после подписания нового договора Кауфман поздравил эмира, что он запретил работорговлю, и объявил, что это «первый шаг в направлении окончательного запрета рабства». Генерал-губернатор выразил надежду, что Музаффар обеспечит постепенное освобождение всех рабов в Бухаре за период «не более десяти лет».
Однако прекратить работорговлю и запретить рабство оказалось непросто. Хотя публичная продажа рабов была запрещена, торговцы тайно организовывали продажу рабов-персов, привозимых туркменами из пустыни. Даже правительство эмира покупало у этих торговцев рабов для пополнения своих армейских рядов, и хотя юридически эти рабы объявлялись свободными, они были обязаны служить в армии до конца жизни. Н.П. Стремоухов обвинял Музаффара в нарушении договора 1873 года, поскольку он покрывал работорговлю, чтобы обеспечить себе пополнение как армии, так и своего гарема. В июле 1878 года некто Фарат, представитель русского Министерства финансов, стал очевидцем существования невольничьего рынка в столице Бухары. Даже в 1882 году английский путешественник Генри Лансдел слышал рассказы о продолжающейся торговле рабами. В действительности прекращение работорговли произошло лишь после запрещения рабства как такового.
В конце 1873 года Музаффар согласился с предложением Кауфмана о полном освобождении рабов в течение десяти лет, но постановил, что до истечения этого срока все рабы должны оставаться у своих нынешних хозяев. Рабам предоставили практически бессмысленное право покупать свою свободу по ценам, которые определялись в каждом конкретном случае по договоренности между рабом и его хозяином. Беглым рабам угрожала смерть, а непослушным – суровое наказание. Сложная ситуация с бухарскими рабами после указа Музаффара породила длительную переписку между Ташкентом и Бухарой. Часто случались побеги рабов в русский Туркестан, где они подавали начальнику Заравшанского округа прошения добиться освобождения их родственников, остававшихся рабами в ханстве. Кушбеги возражал, что бухарские власти не в состоянии компенсировать хозяевам освобождение рабов и что все рабы должны оставаться в неволе до окончания установленного десятилетнего периода, если не могут быть выкуплены своими семьями. В 1874 году Кауфман отправил эмиру полученную его разведкой информацию о существовании незаконной торговли невольниками и о плохих условиях, в которых живут бухарские рабы. Генерал-губернатор требовал, чтобы Музаффар принял решительные меры по прекращению работорговли и по улучшению моральных и материальных условий жизни рабов в течение установленного периода их освобождения. Эмир отрицал существование работорговли, а сообщения о плохом обращении приписал неподчинению и плохому поведению рабов после того, как они узнали о своем будущем освобождении. В 1876 году Кауфман прекратил обсуждение этой темы, приказав начальнику Заравшанского округа с пониманием отнестись к трудностям, с которыми столкнулись власти Бухары в десятилетний период подготовки к освобождению рабов, и «в большинстве случаев не вмешиваться в дела, касающиеся рабов».
Проблема так и осталась нерешенной, и не только в течение десятилетнего периода, который назвал в своем указе Музаффар, а до самого конца его царствования, до 1885 года. В конце концов, рабство было внутренним делом ханства, не представлявшим жизненно важного интереса для России. Поскольку эмир так или иначе обещал дать рабам свободу, и с учетом его сопротивления дальнейшему нажиму вопрос не стоил того, чтобы рисковать потерей доброго расположения Музаффара. Во второй половине 1870-х годов, в период враждебности в англо-русских отношениях, дружба с Бухарой была особенно нужна России.