После того как Бухара утвердила свою власть над Каратегином, эмир Дарваза и родственник Мухаммада Саида Сераджаддин отказался признать сюзеренитет Бухары над Дарвазом. В декабре 1877 года Ходойназар по приказу Музаффара вторгся в Дарваз. К следующей весне весь Дарваз был оккупирован, а Сераджаддин доставлен в Бухару пленником. Бывший эмир Дарваза оставался в заключении до конца царствования Музаффара, то есть до 1885 года. Потом генерал-губернатор уговорил сына и преемника Музаффара освободить его. Сыновья эмира оказались более удачливы, поскольку им удалось бежать в Фергану, где они, как и другие беженцы из Каратегина, получили пенсионы. Два других родственника Сераджаддина, которые были
В течение десяти лет после того, как он потерпел поражение от России, Музаффар частично компенсировал потерю Самарканда, установив контроль над центральной и восточной частью Бухарского ханства. Не считая случая с Шахри-сабзом, он добился этого без помощи России, хотя Россию, безусловно, порадовало, что эмир занялся таким конструктивным делом, укреплявшим его позицию и, таким образом, снижавшим вероятность внутренних беспорядков в ханстве.
Исследование русскими Хивы и Бухары, 1873–1883 гг
Хива и западная часть Бухары были хорошо известны русским еще до завоевания благодаря различным русским и западным визитерам. Однако в центральную и восточную часть Бухары не ступала нога ни одного европейца, и, следовательно, никакой надежной географической информации о ней практически не существовало. С 1873 года в течение десяти лет архив географических знаний о новых подконтрольных России землях Центральной Азии пополнялся благодаря научным экспедициям, военной разведке, искавшей возможные пути для русской армии, и исследованиям географов и этнографов, которые часто сопровождали русские посольства и военные экспедиции.
С 1874 по 1880 год низовья Амударьи стали предметом изучения как минимум пяти экспедиций, финансируемых Императорским Русским географическим обществом, великим князем Михаилом Николаевичем, великим князем Николаем Константиновичем и Министерством путей сообщения. Эти экспедиции занимались составлением карт местности, нанесением на карты рек, сбором сведений о пригодности рек для коммерческого судоходства и поисками предполагаемого древнего русла Амударьи.
В период с 1875 по 1880 год основную роль в освоении центральной Бухары играли политические и военные соображения. Чтобы восполнить нехватку точной географической информации об этом регионе, который лежал между русским Туркестаном на севере и Афганистаном и Индией на юге, генерал Кауфман снова и снова посылал исследовательские военные отряды для составления карт местности и речных путей. Самой заметной фигурой в этой области был подполковник Н.А. Маев – ботаник и зоолог, совершивший за несколько лет пять путешествий по территории Бухары от Келифа до Куляба. Благодаря экспедиции Маева в Гиссар в 1875 году Запад впервые в истории узнал многое о центральной части Бухарского ханства. В 1878 году военное освоение стало более интенсивным, что совпало с англо-русским кризисом по поводу Балкан и проливов, а затем с началом второй англо-афганской войны. Маев, а позже полковник П.П. Матвеев были отправлены изучать дороги, ведущие из Самарканда на юг в сторону Афганистана и Индии. Музаффар, беспомощный перед лицом этого шквала русских исследований его земель, реагировал на них со смесью уважительной любезности и подозрительности. Обычно он устраивал аудиенцию для исследователей, отправлявшихся в экспедицию, где выражал согласие с их планами, одновременно предупреждая о предстоящих трудностях, и посылал с ними чиновников, которые помогали им в общении с местным населением и в то же время сообщали ему о действиях русских.
В восточную часть Бухары русские путешественники стали проникать только после того, как Музаффар завоевал Каратегин и Дарваз. Поскольку стратегическое значение этого отдаленного горного района было минимальным, большая часть исследований находилась в руках ученых, а не военных. В конце лета 1878 года натуралист В.Ф. Ошанин стал первым европейцем, побывавшим в Каратегине. Ботаник А.Е. Регель, отправленный Императорским Русским географическим обществом, отличился тем же в 1881 году в Дарвазе, а на следующий год в независимом княжестве Шугнан и Рушан.