Однако триумф лорда Литтона был недолгим, поскольку вскоре злоключения первой англо-афганской войны повторились. Враждебность местного населения привела к падению британского ставленника и вынудила Британию оккупировать главные города Кабул и Кашгар, чтобы удержать контроль. Тогда Петербург достал козырь, который держал в рукаве в течение десяти лет. Племянник Шер-Али и претендент на трон Абдур-Рахман с 1870 года жил в Ташкенте. В декабре 1879 года Россия позволила ему уехать из Ташкента вместе со своей свитой из 250 человек и большим запасом русских винтовок и велела Музаффару предоставить ему свободный проход через Бухару. Эмир подчинился, хотя обошелся с Абдур-Рахманом холодно, точно так же, как десять лет назад, когда претендент бежал из Афганистана. Музаффар не только не принял Абдур-Рахмана, как обычно принимал иностранных гостей, но и не выделил ему официального эскорта для проезда через Шахрисабз и Гиссар. К весне 1880 года Абдур-Рахман стал хозяином афганского Туркестана. В апреле того же года к власти в Англии снова пришел Гладстон и либералы, лорда Литтона сняли с поста вице-короля Индии, и Британия вернулась в Афганистане к политике невмешательства, которую проводила до 1875 года. Абдур-Рахман был признан эмиром Афганистана, британские войска отошли, и все требования Литтона были забыты за исключением обещания Кабула не поддерживать отношений ни с одним иностранным государством, кроме Британии.
Утрата Афганистаном права поддерживать отношения с иностранными государствами означала одновременно конец активных действий Бухары в этом регионе. После 1873 года Бухара сохранила право самостоятельно поддерживать международные отношения при условии, что она будет действовать в рамках дружбы с Россией. На практике это право ограничивалось Афганистаном. Поскольку, согласно договору 1873 года, Хива лишилась права поддерживать отношения с иностранными государствами, а Коканд вскоре был присоединен к России, Афганистан оставался единственным независимым соседом Бухары. В действительности до 1879 года они весьма регулярно обменивались посланниками, после чего у Бухары больше не осталось соседей, с которыми она поддерживала отношения, кроме России. Отношения с Турцией были прерваны по настоянию России с 1873 года. Обмен посланниками с Персией или Китаем означал бы бессмысленные расходы, поскольку у Бухары не было общих интересов с этими странами, а контакт с Индией был бы воспринят русскими как враждебный акт. Таким образом, без каких-либо действий со стороны России по урезанию его прав Музаффар лишился представительства за рубежом в качестве суверенного правителя.
На протяжении всего периода англо-русской напряженности конца 1870-х годов Бухара служила инструментом российской политики. Русские войска, русские посланники, направлявшиеся в Афганистан, афганский претендент, возвращавшийся из России, – все согласовывали беспрепятственный проход через Бухару по просьбе Ташкента. Какими бы ни были личные интересы Музаффара и сомнения в исходе афганских проблем, у него не оставалось иного выбора, как соглашаться с просьбами своих русских повелителей. Бухара оказалась послушным и полезным клиентом и тем самым оправдала надежды тех русских, которые выступали за политику невмешательства в дела ханства.
Мерв, 1881–1884 гг
В 1870-х годах эта область, граничившая с Хивой, Бухарой, Афганистаном, Персией и удерживаемым Россией восточным побережьем Каспия, представляла собой политический вакуум, занятый различными неуправляемыми туркменскими племенами. Носившиеся по пустыне Каракум и обитавшие в оазисах, протянувшихся вдоль ее южной границы, туркмены никогда не могли установить здесь никакого устойчивого политического порядка. Именно в этот регион пришлось в конце концов прийти России в поисках стабильной, безопасной границы.