В 1895 году Министерство иностранных дел продемонстрировало свою непоколебимую верность политике поддержания автономии Бухары во время обсуждения кандидатуры преемника П.М. Лессара, который отбыл в Лондон в качестве советника посольства. Генерал-губернатор Вревский, в 1891 году заявлявший, что сейчас самое время «признать, что Бухарское ханство утратило свою политическую независимость, и не рассматривать его как иностранное государство», воспользовался этой возможностью, чтобы более подробно изложить свои идеи. «Положение эмира Бухары и его отношения с Россией точно такие же, как у хана Хивы. Оба они находятся в полной и безусловной зависимости от России и наделены только правом внутреннего управления своим ханством. Несмотря на то что в границах своих владений они полностью сохраняют престиж независимых правителей, фактически же утратили свою независимость. Таким образом, я не могу рассматривать эти два ханства иначе, как части Российской империи, [которые] просто временно находятся в исключительном положении в отношении своей внутренней ситуации». Вревский предлагал ликвидировать политическое агентство, которое, как полагал он и три его предшественника, только напрасно поддерживает у эмира иллюзию независимости. Вревский предлагал заменить политического агента русским резидентом, который непосредственно отвечал бы перед генерал-губернатором и выполнял обязанности губернатора области, а при необходимости оказывал бы давление на бухарские власти для реформирования внутреннего управления страной. Короче, эмир был бы обязан выполнять приказы русского резидента.
Взгляды Вревского разделял военный министр, но они столкнулись с решительной оппозицией со стороны Министерства иностранных дел, которое отказалось передать отношения с Бухарой в руки Ташкента и отойти от политики невмешательства. С точки зрения Министерства иностранных дел открытое вмешательство во внутренние дела Бухары было особенно нежелательно в 1895 году, поскольку оно могло подвергнуть риску недавно заключенное с Британией соглашение о границе на Памире. Министерство иностранных дел снова добилось своего, и преемником Лессара был назначен чиновник Азиатского департамента и бывший дипломатический чиновник при губернаторе Закаспийской области В.И. Игнатьев.
Соглашение о границе на Памире
В конце 1870-х годов британцы узнали, что между Афганистаном на западе и Кашгаром на востоке лежала ничейная земля, протянувшаяся до самого Гиндукуша, природного северного бастиона Индии. К концу 1880-х годов Калькутта была озабочена попыткой, которую мог предпринять Кабул или Пекин, установить реальный контроль над этим политическим вакуумом, состоящим из изолированных и малонаселенных альпийских долин и горных хребтов под названием Памир. Тем временем Россия тоже начала проявлять интерес к этому наиболее удаленному уголку Центральной Азии, последнему региону, где ее границы оставались неопределенными, поскольку соглашение 1873 года с Британией о сферах влияния не охватывало земли к востоку от озера Сарыколь (Виктория). Несмотря на то что первый контакт на Памире осенью 1889 года между Россией в лице ученого Б.Л. Громбчевского и Британией, представленной капитаном Френсисом Янгхазбентом, прошел достаточно мирно, политическое соперничество двух держав в этом регионе не являлось секретом. Узнав о попытках Янгхазбента убедить китайские власти в Кашгаре подтвердить свои притязания на Памир, Ташкент с одобрения Военного министерства отправил полковника Иванова аннексировать Памир до Сарыкольских гор на востоке и Гиндукуша на юге. Иванов встретился с Янгхазбентом в августе 1891 года в верховьях Вахандарьи, расположенных непосредственно к северу от Гиндукуша, сообщил ему о притязаниях России на эту территорию и вынудил уйти.