Тесная связь между таможенной границей и защитой Бухары стала очевидна уже в начале апреля 1891 года на совещании в Петербурге, где Лессар предложил сократить численность бухарской армии. Армия являлась не более чем обузой для народа Бухары, поскольку для обороны Бухары войска эмира имели второстепенное значение, а установление русского контроля над границей по Амударье снизило бы их значение еще больше. По словам Лессара, «эмир не может… положиться на свою армию в случае восстания его подданных или вторжения афганцев. Он понимает, что при таких обстоятельствах все будет зависеть не от храбрости и преданности его солдат, а от поведения русского правительства». Представитель Военного министерства на совещании, проходившем в июне 1892 года, заметил, что перенос русской таможенной границы к Амударье был бы существенным вкладом в обороноспособность Бухары и русского Туркестана.
Рекомендации Лессара стали предметом серьезного рассмотрения. Одно из предложений состояло в том, чтобы сократить армию до 5900 человек с годовым бюджетом 559 000 рублей. В 1894 году военный министр поручил казачьему капитану П.П. Шубинскому подготовить отчет о состоянии бухарской армии, чтобы использовать его при обсуждении вопроса о ее сокращении. Несмотря на то что в 1889 году Абдул-Ахад дополнил полученное ранее в подарок от России вооружение покупкой в России еще 2000 винтовок для своей охраны и огнестрельного оружия для конницы, до этого вооруженной преимущественно саблями, бухарская армия фактически не изменилась с 1870-х годов. Пославский описал ее как «еще больший анахронизм, чем городская стена Бухары». В докладе Шубинского от 2 июня 1894 года был сделан вывод, что армия эмира, по сей день вооруженная в значительной степени устаревшими винтовками в плохом состоянии, снабженная бесполезной артиллерией и ничего не знающая о правилах ведения огня, представляет собой «не что иное, как неорганизованную массу, совершенно неподготовленную к требованиям войны и по своим боевым качествам мало чем отличающуюся от вооруженной толпы случайно набранных людей». Действуя на основании выводов Шубинского, барон А.Б. Вревский, ставший в 1889 году преемником Розенбаха, утверждал в своем ежегодном докладе за 1894 год, что, поскольку бухарскую армию невозможно улучшить качественно, ее необходимо сократить количественно. Никакого существенного улучшения нельзя было добиться без сокращения срока службы и увеличения численности обученного резерва путем введения обязательной военной службы, но такой шаг противоречил всем традициям и вызвал бы неприятие населения. Никаких явных попыток принудить эмира к сокращению армии предпринято не было. Однако после переноса российской таможенной границы к Амударье Абдул-Ахад, вероятно, под неофициальным нажимом со стороны русских сократил численность своих войск с пятнадцати до десяти с небольшим тысяч человек.
В 1873 году Бухара отличалась от Хивы тем, что имела ряд юридических и политических прав, которые утратило второе ханство, превратившееся в стопроцентный российский протекторат. Самые важные из этих прав состояли в том, что эмир мог иметь самостоятельные международные отношения и руководить обороной своей страны. Однако к 1880 году Бухара потеряла возможность – хотя и не право – иметь международные отношения. Ав 1886–1887 годах Россия начала брать на себя реальную военную ответственность за защиту Бухары, разместив гарнизоны в Чарджоу и Керки. В других аспектах статус Бухары по отношению к России стал больше походить на статус Хивы, когда расширение русской экстерриториальной юрисдикции к 1893 году зашло даже дальше, чем в Хиве. А после того, как в 1895 году Россия взяла на себя контроль и защиту бухарско-афганской границы, Бухару де-факто можно было считать российским протекторатом.
Дальнейшее развитие русско-бухарских отношений в период 1890–1902 годов завершило их коренное изменение, начавшееся во второй половине 1880-х годов. После появления Центральноазиатской железной дороги, ознаменовавшего конец изоляции Бухары, туда хлынули русские частные предприниматели, и судьба ханства стала еще тесней связана с судьбой России. Насущной необходимостью стало улучшение средств связи и монетарный контроль. Эти важные изменения, как и те, которые мы уже обсудили, не были частью какого-то долговременного плана по ликвидации бухарской автономии. Они происходили скорее в ответ на возникавшие практические проблемы в контексте традиционной русской политики невмешательства.