Точная численность населения Бухары оставалась неизвестной до конца 1920-х годов, поскольку правительство эмира не испытывало нужды в этих данных и жители с подозрением относились к любым попыткам сбора статистической информации. Поэтому любые цифры могут рассматриваться только как грубые предположения. Обычно население Бухары к концу XIX века оценивается в 2,5 миллиона человек, из которых две трети жили в западных оазисах. 65 % от общей численности составляло оседлое население, 20 % – полукочевое и 15 % – кочевники. От 10 до 14 % населения проживало в городах. Самым большим городом, безусловно, была столица с населением 70 000–100 000 человек. Следующим по размеру был город Карши с 60 000— 70 000 жителей, за ним шли Шахрисабз и Чарджоу с 30 000, за ними еще дюжина городов с населением от 4000 до 20 000 человек.
Если географически Бухара не представляла собой единое целое, то этнически она была еще менее однородной. Самыми ранними из известных обитателей Центральной Азии были иранцы, которые выжили, трансформировавшись в говорящих на иранском языке таджиков. Две другие крупные этнические группы образовали потомки тюркских завоевателей из евразийской степи. Туркмены появились здесь в X веке, но по-прежнему сохраняли свою этническую и культурную идентичность и кочевой образ жизни. Самыми недавними пришельцами были являвшиеся правящей группой узбеки. Под протекторатом России узбеки составляли большинство – 50–60 %, таджики – самое крупное меньшинство, порядка 30 %. Туркмен насчитывалось всего 5—10 %. Узбеки в основном проживали в оазисах Заравшан и Кашкадарья, а также в долинах рек центральной части Бухары. Таджики составляли большинство в горах центральной Бухары и были единственными обитателями гор восточного района. Туркмены составляли большинство по берегам Амударьи вверх по течению до самого Келифа. На востоке Каратегина проживало несколько тысяч киргизов – кочевого тюркского народа. Кроме того, во всех крупных городах имелись персы, евреи и индийцы.
Население Бухары было почти сплошь мусульманским, единственное исключение составляли численно незначительные, но коммерчески важные евреи и индийцы. Среди мусульман подавляющим большинством являлись ортодоксальные сунниты, но среди таджиков из центральной части Бухары было много шиитов-исмаилитов, а на востоке все население было исмаилитским.
Бухара была автократическим государством, управляемым наследственным монархом в соответствии с религиозным мусульманским правом и обычаями. Чтобы справиться с проблемой управления достаточно большой и населенной страной, в которой обитаемые районы были отделены друг от друга пустынями и горами, а связи между ними были затруднены особенно в центральной и восточной частях, в Бухаре была сформирована хорошо организованная центральная администрация, и вместе с тем существовала большая степень провинциальной автономии. На вершине административной системы стоял