Бухара делилась на столичный район и переменное число беглыков (ниже будет употребляться принятое в русском языке название «бекство». – Пер.) (провинций). Каждое бекство управлялось бегом (ниже будет употребляться принятая в русском языке транслитерация «бек». – Пер.) (на Востоке, где говорили на таджикском, он назвался «мир»), которому эмир фактически делегировал всю полноту власти над местными жителями, за исключением права решать вопрос жизни и смерти. Беков назначал эмир, который выбирал их из своих родственников и фаворитов. В наиболее важных бекствах беками, как правило, назначались сыновья эмира. Беки правили как мелкие князья, имели свой двор и свои войска. Часто для более надежного контроля какого-то удаленного бекства в центральной или восточной части Бухары эмир именовал назначенного бека наместником, наделяя его властью над другими беками на этой территории и правом выносить смертные приговоры. В каждом бекстве имелись свои закятчи, казн и раис, подчинявшиеся соответствующим столичным чиновникам. Эти многочисленные провинциальные чиновники со своими вертикалями ответственности должны были следить за злоупотреблениями других, но чаще система работала противоположным образом, и казн, раис и закятчи, вступив в сговор с беком, действовали в своих общих интересах.
Бекства, в свою очередь, делились на налоговые округа (по-русски амлакдарства), количество которых колебалось от двух (Бурдалык) до двадцати (Гиссар), в зависимости от размера бекства. Каждый округ управлялся амлакдаром, назначенным беком из его родственников и фаворитов, и его администрация повторяла в миниатюре структуру администрации бекства со своими закятчи, казн и раисами. Однако амлакадар был всего лишь сборщиком налогов, не обладавшим никакими другими функциями бека. На нижнем уровне управления каждый кишлак (деревня) выбирал своего аксакала (старейшину), который имел минимум обязанностей и являлся нижним элементом административной иерархии.
Ни один из наиболее важных членов этой огромной бюрократической машины не получал жалованья. Сановники центрального правительства зависели от милостей эмира в форме земельных угодий и других подарков, а также от сборов и штрафов, которые их ведомствам удавалось собирать с населения. Провинциальные чиновники жили за счет земли по образу, напоминавшему существовавшую в древней Московии систему «кормления»: каждый бек оставлял себе определенную долю собранных налогов, которую считал необходимой для содержания себя и своего двора, а разницу передавал эмиру.
Вся административная иерархия заполнялась почти исключительно узбеками. Поразительное исключение являла должность кушбеги, на которую, начиная с конца XIX века до 1910 года, неизменно назначались персы-рабы или их потомки. Таким образом уменьшалась политическая власть узбекской аристократии и обеспечивалась полная зависимость кушбеги от его хозяина-эмира.
Помимо светской и гражданской иерархии существовала полуофициальная религиозная иерархия во главе с кази-каланом. Он назначал муфтиев — знатоков шариата (мусульманского права), которых часто приглашали для рассмотрения судебных дел. Муфтии обычно выполняли функции мударрисов (преподавателей) в медресе (семинариях или школах). Кази, муфтии и улемы (ученые теологи) почти всегда были выходцами из социальных групп сайидов (реальных или воображаемых потомков дочери пророка) и ходжи (потомком трех первых халифов). Эти религиозные деятели вместе с наследственными социальными группами, из которых они происходили, и муллами (учеными людьми, не обязательно занимавшими религиозные должности) составляли влиятельный класс, заинтересованный в защите традиций и религиозной ортодоксии.
Хива, в отличие от своего более крупного соседа, обладала географической целостностью и компактностью. Хивинское ханство состояло из одного оазиса и той части окружающих его пустынь, которую могли контролировать его правители. Экономическим и политическим центром страны была южная часть оазиса, наиболее густонаселенная и интенсивно культивируемая. На дальнем севере находилась дельта Амударьи, покрытая почти непроходимыми зарослями кустарника и тростника и изрезанная бесчисленными устьями великой реки. Население Хивы в конце XIX века, вероятно, приближалось к 700 000–800 000 человек, из которых 72 % были оседлыми, 22 % – полукочевниками и 6 % – кочевниками, что примерно соответствует тем же пропорциям в Бухаре. Около 60 % населения жили в южной части оазиса. Только 5 % – в городах, почти вполовину меньше, чем в Бухаре, а сами города были гораздо меньше, чем в Бухаре. Значительное количество постоянных жителей имелось только в столице (19 000 человек) и торговом центре Ургенч (всего 6000).