С начала XIX века в связи с присоединением новых территорий в бюджетной практике возникает новое явление: территориальные бюджеты. Обособление бюджетов окраин обусловливалось различными причинами. Так, например, руководство финансовым управлением в Грузии в 1801 году передали главнокомандующему российской армией на Кавказе. Это было вызвано, главным образом, желанием продемонстрировать «некорыстные» намерения русской власти (все доходы были «обращены в пользу» края) и вынужденной концентрацией бюджетных полномочий в руках местной администрации ввиду отсутствия развитых коммуникаций между центром и окраиной, а также военных действий. Попытки Министерства финансов установить контроль над местными доходами и расходами увенчались успехом лишь в 1840 году: административная реформа законодательно закрепила включение бюджета Закавказья в общегосударственную роспись и подчинила администрацию края в вопросах финансов непосредственно Министерству. Но уже в 1858 году по просьбе наместника на Кавказе А.И. Барятинского бюджетную автономию восстановили. Смета доходов и расходов края должна была составляться главным управлением наместника отдельно от смет министерств и вноситься ежегодно на рассмотрение Кавказского комитета, а органы закавказской администрации были освобождены от государственного финансового контроля.
Бюджетная автономия Великого княжества Финляндского, предоставленная ему в 1809 году, и Царства Польского, закрепленная конституцией 1815 года, соответствовала особому административно-политическому статусу этих регионов в составе империи. Финансовая самостоятельность предполагала сохранение собственного бюджетного и налогового законодательства, независимость финансового управления края от Министерства финансов империи, строгое разделение касс и казначейств империи и региона и обязанность самостоятельно нести ответственность по долгам.
В полной мере бюджетная автономия не была реализована в Царстве Польском (польский сейм не участвовал в обсуждении бюджета, как предписывали местные законы) и в Финляндии до 1863 года, где сейм не собирался до этого времени. Предоставление представительным органам права участвовать в обсуждении бюджета и затем отказ от этого принципа отчасти можно объяснить существовавшими и не реализованными намерениями федерализации империи и разделения имперского бюджета на территориальные бюджеты областей. Хорошо известная исследователям Государственная уставная грамота Российской империи, составленная в 1819 году по указаниям Александра I, предполагала предоставление сеймам автономных наместнических областей права определения налогов и сборов и составления областных бюджетов. «Главный» бюджет должен был составляться на основе территориальных росписей, рассматриваться общегосударственным сеймом и утверждаться императором. Отказ от идей федерализма и конституционализма, очевидно, охладил стремление к развитию финансовых автономий окраин.
Взаимосвязь политики и финансов в области бюджетных прав окраин становится еще более очевидной, если проследить развитие бюджетных отношений между империей, с одной стороны, и Польшей и Финляндией, с другой. Ограничение финансовой автономии Польши началось после восстания 1830 года. Первым шагом стало установление контроля Министерства финансов над действиями местной администрации в области финансового управления. Затем последовал перевод основных статей доходов Царства Польского в пользу имперского казначейства (таможенных пошлин). В итоге к 1863 году его бюджет уже находился в жесткой зависимости от бюджета имперского. Изъятие из польских доходов акцизов в 1864 году довершило процесс разрушения бюджета Царства. Поэтому объединение бюджетов и финансового управления в 1866–1867 годах выглядело логичным не только с политической точки зрения, но и из финансовых соображений.
Тенденция к наступлению на политическую автономию княжества Финляндского в начале 1890-х годов проявилась, в частности, в попытках ограничить бюджетные права финляндского сейма. Финалом в длительной борьбе за бюджетные полномочия представительства стало принятие бюджетных правил в 1913 году. Использовав традиционное разделение финляндского бюджета на правительственные и сеймовые фонды, правительство фактически ограничило бюджетную автономию княжества только рамками сеймовых средств. Таким образом, оно гарантировало себя от вмешательства депутатов в решение вопросов, связанных с важнейшими расходными и доходными статьями бюджета – финансированием администрации и военных расходов, точнее, передачей денежной «компенсации» в имперский бюджет за неисполнение воинской повинности финляндскими подданными.