Новый этап реформирования системы управления наступил с приходом к власти Екатерины II. Одним из важнейших принципов, неуклонно проводимых ею в жизнь, стал принцип единообразия в системе управления на всей территории империи. В 1763 году в ходе реформы Сената он был разделен на 6 департаментов со строго определенной компетенцией каждого. Были определены функции Сената как высшей контрольной инстанции и высшего судебно-надзорного органа. Основной его задачей провозглашалось наблюдение за соблюдением законов. В том же году были опубликованы штаты местных учреждений, закрепившие петровские принципы службы за жалованье. Для всех чиновников был введен аттестат, утвержден единый формуляр послужного списка; для чиновников, прослуживших 35 лет, установлена государственная пенсия, равная половине оклада. В 1763 году ликвидировали также восстановленный после смерти Петра I Сибирский приказ, а Сибирская губерния оказалась в окончательном подчинении коллегиям на общих основаниях. Так было положено начало унификации управления на всей территории империи, продолженное затем ликвидацией гетманского правления на Украине, объявлением ее губернией и назначением туда губернатора, одновременно возглавившего и Малороссийскую коллегию. Однако, преобразования на Украине проводились постепенно и осторожно и оказались растянутыми на несколько десятилетий. Лишь в начале 1780-х годов там было учреждено три наместничества. С другой стороны, земли, вошедшие в состав империи после разделов Польши, сразу же получили систему административного управления общероссийского образца.
Вместе с тем, стремление к унификации сочеталось в политике Екатерины с тенденцией переноса центра тяжести во всей системе управления из центра на территории. За этой тенденцией стояло стремление избавить центр от решения местных проблем за счет придания местным органам власти большей самостоятельности, что отвечало и просветительской теории, которой руководствовалась Екатерина. По существу, это было и попыткой разрешить конфликт, о котором сказано выше. Сочетание широкого круга полномочий местной администрации (прежде всего, в хозяйственной сфере) с единообразной системой управления на всем имперском пространстве должно было придать всей конструкции большую устойчивость. Следует отметить, что попытки унификации системы управления в это же время предпринимались и в империи Габсбургов, но потерпели неудачу.
После провозглашения в 1775 году принципа свободы предпринимательства Российское государство постепенно самоустранялось от регулирования экономики, что выразилось, в частности, в ликвидации в 1780-е годы ряда отраслевых коллегий с передачей их функций на места и с сохранением в центре лишь ведомств, связанных с обороной, иностранными делами и финансами. Начало этому процессу было положено губернской реформой 1775 года. Страна была разделена на губернии с населением в 300–400 тыс. человек. Две губернии объединялись в наместничество во главе с наместником или генерал-губернатором. Никакие национально-исторические и экономические особенности отдельных территорий при этом во внимание не принимались, и речь шла лишь об удобстве управления. В течение первых десяти лет после начала реформы число губерний составило 25, но затем они были вновь разукрупнены, и их число составило 50. Приблизительно такое же число губерний сохранялось вплоть до конца XIX века. Губернии делились на уезды с населением в 20–30 тыс. человек. Провинции, таким образом, ликвидировались, и была принята двухчленная схема. Главой административной власти в уездном городе стал городничий с создаваемой при нем воеводской канцелярией. На территории уезда эти функции исполнял капитан-исправник. Он также представлял нижний земский суд, который был коллегиальным органом управления территорией уезда и обладал в основном полицейскими функциями. В городах сохранялись старые и создавались новые органы городского самоуправления – губернские и городовые магистраты – с выборными ратманами и бургомистрами, а также ратуши по посадам.
В реформе 1775 года наиболее ярко проявился принцип унификации управления на всей территории империи, что явилось одновременно и прямым продолжением губернской реформы Петра I. Именно с этого времени Россия окончательно становится унитарным государством, и такой принцип ее политического устройства уже не могли поколебать последующие отступления от него в самом конце XVIII и в XIX веке. Несомненно, этот принцип придавал устойчивость всей политической конструкции и способствовал длительному существованию России как имперского государства. Но он же постоянно содержал в себе потенциальную угрозу взрыва и обострения взаимоотношений как между отдельными территориями, так и между населявшими страну народами.