Среди крупных сооружений, которые были возведены в Кремле при Иване III, собор Успения богородицы (Успенский собор), созданный Аристотелем Фиораванти, занимает особое место, поскольку высшие круги московского государства явно воспринимали его как символ победы над Новгородом. Исключительность положения московского великого князя еще отчетливее проявляется в роскоши Грановитой палаты, которая была построена по образцу итальянских палаццо и весьма выгодно отличалась от старых домов великого князя, его братьев и других жилищ представителей знати, которые были расположены на территории Кремля.
И, наконец, период правления Ивана III отмечен религиозными распрями, которые имели весьма далеко идущие последствия. Секта так называемых «жидовствующих» выступила вначале в Новгороде, а потом в Москве, где, по-видимому, встретила значительную поддержку влиятельных лиц. Речь шла об антитринитариях, происхождение которых неизвестно; это могли быть отголоски гуситского движения или движения богомилов, распространенного на Балканах; учение объединяло в себе всевозможные противоречащие друг другу элементы, подверженные, по-видимому, значительному влиянию иудейской философии. Еще в 1487 году новгородский архиепископ Геннадий пытался принять меры против сектантов. Он встретил поддержку у дворянина Иосифа Санина Волоцкого, который основал в Волоколамске богатый монастырь, вскоре ставший известным своими строгими порядками. Иосиф Волоцкий немедленно выступил против сторонников лжеучения. Однако московские соборы 1488 и 1490 годов решились подвергнуть еретиков лишь довольно мягкому осуждению. Иосиф вступил в ожесточенный конфликт с митрополитом московским, назвал его «волком в овечьей шкуре» и отказался уплатить наложенные на него церковные штрафы. Он обратился к Ивану III как главе церкви. Великий князь отнесся к Иосифу с большой симпатией, ибо тот дал теологическое обоснование неограниченной власти московского правителя над церковью.
Уже в 1495 году приход нового митрополита ознаменовал начало новой политики по отношению к «жидовствующим». В 1503 году состоялся третий собор, осудивший «жидовствующих», причем Иосиф Волоцкий выступил здесь и с теологическим обличением, и в роли прокурора. Теперь против обвиняемых были введены строжайшие санкции. Впрочем, на соборе решались и другие спорные вопросы. Активным и смелым противником крупного монастырского землевладения стал анахорет Николай Майков[7]
(1433–1508), монах Кирилле-Белозерского монастыря, который некоторое время провел на горе Атос, а затем основал скит на реке Сорке, близ Кирилло-Белозерского монастыря. В соборе 1503 года он принимал участие в качестве духовного лидера движения нестяжательства, вновь возрожденного в среде древнерусского монашества. При решении вопроса о дальнейшей судьбе монастырского землевладения Нил Сорский резко отвергал любое вмешательство монастырей в светскую сферу и высказывал требование «духовного совершенствования» через аскетизм и доброжелательную снисходительность по отношению ко всем введенным в заблуждение, которых следовало наставить на праведный путь. Монахам подобают занятия утешением и наставлением, а не «излишеством», то есть светской собственностью или, тем более, делами государства.Этот конфликт между «иосифлянами» и последователями Нила Сорского уже тогда привел к расколу московской православной церкви на два враждебных лагеря — сторонников аскетизма и скитской жизни и приверженцев огосударствления церкви.
27 октября 1505 года Иван III умер в возрасте 67 лет. В 1504 году его преемником стал объявленный им по завещанию наследником старший сын от второго брака, Василий III. Завещание отца сделало его обладателем около 85 % владений великого княжества, в первую очередь всех вновь присоединенных территорий, то есть всех северных, восточных и западных приграничных земель. Пяти младшим братьям было установлено достаточное содержание, однако им было отказано в каком-либо влиянии на управление государством. Василий получил исключительное право чеканки монеты и торговли, а также юрисдикции, в том числе и над людьми, проживающими во владениях братьев. Такое положение, казалось, исключало любую опасность для существования государства со стороны братьев Василия.