Такая постановка патриаршей власти не замедлила отразиться на ходе церковной реформы. Никон не пошел об руку с прежними друзьями и требовал от них не совета и сотрудничества, а покорности. Царь отстранился от вмешательства в дела церковные. Дело «ревнителей» заглохло в тот момент, когда они могли мечтать о торжестве. Никон не пошел их путем. Его энергия сосредоточилась на усилении иерархической власти и на исправлении церковных книг и обрядов. Порыву к работе над обновлением религиозно-нравственного быта проповедью и личной боевой деятельностью «ревнителей» не стало больше опоры у царского и церковного авторитетов. Личная обида, а еще более различие по духу и целям сделало прежних союзников непримиримыми врагами. Сурово обличал Неронов Никона, что «от него всем страх и его посланники паче царевых всем страшны», и убеждал «смирением Христовым, а не гордостью и мучением сан держати». Дело исправления церковного, по мнению Неронова и его друзей, не должно быть в единоличной власти патриарха. Но и те соборы, какие созывались Никоном для обсуждения и утверждения исправлений, их не удовлетворяли: истинный собор, по убеждению Неронова, должен состоять не из одних архиереев, к нему надлежит призвать и белое священство, и представителей паствы – мирян. Разлад шел и дальше, захватывая самые приемы исправлений. «Ревнители», став противниками Никона, не отрицали надобности поправок, но настаивали, что в основу надо положить древние славянские книги. Для патриарха и для царя Алексея это было неприемлемо, ибо такой прием убил бы основную задачу реформы – согласование московского церковного обихода с современным греческим; этой цели не удовлетворила бы и работа с помощью древних греческих рукописей, так как и в них было многое, что с течением времени отпало и изменилось. Принципиально реформа признавалась восстановлением старины; Арсений Суханов дважды ездил на Восток и вывез богатое собрание древних греческих богослужебных книг. Но он же привез точные сведения о различиях между русским и греческим обрядом и даже об осуждении на Афоне наших книг за их ошибки и отступления от принятого у греков. Ученые-справщики из малороссов работали преимущественно не по старинным рукописным книгам, русским или греческим, а по новым венецианским изданиям, какими пользовалась греческая церковь. Так сложилась почва отношений и фактов, на которой вырос тяжелый разлад, а затем и церковный раскол. Противники Никона резко осуждали его деятельность – и как патриарха-управителя, и как исправителя книг и обрядов. Гневно встречал он критику, видя в ней прежде всего непокорность людей из рядового по сану духовенства своей высокой власти, и громил их ссылками и заточениями. Царь верил патриарху, был подавлен его сильной волей, хотя скорбел о прежних близких и почитаемых людях, с которыми было сердце всего дворца, царицы Марьи и ее близких. Но по существу царь мог быть только с Никоном, а не с ними. Их вражда к грекам и малороссам, их стремление сохранить национальную церковную старину противоречили основным настроениям царя Алексея, увлеченного идеалом вселенского православного Востока с московским царем во главе.