В таких условиях выяснялась в то же время судьба церковных преобразований. Царь Алексей взял этот вопрос в свои руки. Казалось, что с устранением Никона падет главное препятствие к установлению мира в Русской церкви. Ведь Никон, не без настояний царя Алексея, примирился с Нероновым, тогда уже иноком Григорием, на компромиссе взаимного признания старых и новых книг равноценными. Церковные новшества входили в жизнь, царь сам распространял новые книги через Тайный приказ, буря разногласий как бы затихла. В 1664 г. призван в Москву Аввакум, принят ласково и с почетом. Однако разногласия оказались слишком коренными, чтобы уладить их личными переговорами и уступчивостью. Неронов настаивал на избрании нового патриарха собором Русской церкви, человека кроткого, «со всеми христолюбцы единомудреннаго»; все его единомышленники отрицали греческое и малорусское влияние в церковных делах, стояли за московскую старину против Никоновых исправлений, а все частные спорные темы сливались в общем осуждении того нового духа, которым проникались чем дальше, тем больше, официальная государственная и церковная жизнь, а равно и быт общественных верхов. Аввакум в челобитной царю против церковных новшеств уже произнес слово «никониане», отделяя свою «истинную веру» от их воззрений, а в массе народной ощущение перелома в традициях московского быта уже отливалось в страх близкого или наставшего прихода Антихриста, в тревогу ожидания «последняго времени». В оппозиции против «никонианства» звучали ноты отрицания власти и авторитета иерархии, осуждение царской церковной политики обобщалось в осуждение ее полномочий по управлению церковью, приводило к суровому отвержению новых культурных отношений и навыков. Тут спорили два мира, разно строившие понятия о должном и желательном в государственном, общественном и церковном быту, и примирение их было вне исторической возможности.
IV. Соборные деяния 1666–1667 гг