Российские торговцы, получая многочисленные льготы и привилегии, со временем стали рассматривать свою деятельность в Бухаре и Хиве практически так же, как деятельность в пределах собственно Российской империи, в связи с чем порой весьма негативно реагировали на какие-либо ограничения своих возможностей дальнейшего развития дела. Например, русские торговцы, постоянно пребывавшие в Керки, жаловались как бухарским, так и российским властям на то, что предоставленная им на основании указа эмира территория для поселения слишком мала для дальнейшего развития, а бухарские власти не позволяют ее расширять, несмотря на то что российские торговцы имеют оборот более 1,2 млн руб. в год [Искандаров, 1963, с. 232]. Таким образом, официальные предписания местных властей, нередко издававшиеся по согласованию с российской региональной (туркестанской) администрацией, воспринимались русскими торговцами как фактическое нарушение их прав и привилегий!
Впрочем, нельзя сказать, что на протяжении всего пребывания среднеазиатских ханств под российским протекторатом положение российских предпринимателей исключительно улучшалось и укреплялось. Так, включив Бухарский эмират и Хивинское ханство в таможенную зону Российской империи в 1895 г. (и, соответственно, лишив хана и эмира существенного источника дохода в виде таможенных сборов), имперские органы власти по инициативе администрации Туркестанского края признали возможным отменить некоторые положения мирных договоров 1873 г., в частности, позволив взимать налоги с российских торговцев так же, как и с их местных партнеров [Ниязматов, 2010, с. 232–238]. При этом не обошлось и без некоторых юридических курьезов. Так, например, наряду с другими налогами русские купцы в Бухарском эмирате должны были платить налог под названием «аминана» [Искандаров, 1963, с. 91], который в свое время был введен эмиром Музаффаром… как специальный сбор для войны с Россией [Семенов, 1929, с. 48]! Впрочем, отдельные русские торговцы могли быть индивидуально освобождены от уплаты налогов в случае получения от властей соответствующих документов — в частности, в одном из приказов начальника Амударьинского отдела, ответственного за связи Российской империи с Хивой, упоминалось о том, что русские подданные, торгующие в ханстве, могут быть освобождены от уплаты налогов (полностью или частично), если «предъявят ханским властям надлежащие торговые документы» [ЦГА РУз, ф. И-125, оп. 1, д. 159, л. 8].
Постоянно изменяющиеся нормы, регулировавшие экономическую деятельность в Бухаре и Хиве (как внутреннюю, так и с участием российского капитала), вызывали многочисленные нарушения и злоупотребления — причем как со стороны ханских и эмирских чиновников, так и со стороны российских предпринимателей. Чиновники стремились взять как можно больше налогов с российских торговцев, в случае неподчинения нередко даже конфисковали товар или выручку за него. При этом далеко не все обиженные получали возможность обжаловать действиях чиновников, обратившись к ханскому или эмирскому суду, либо задействуя российские административные структуры. То же касалось и российских поселенцев в Бухарском эмирате, которые намеревались создавать сельскохозяйственные предприятия: из-за злоупотреблений представителей местной администрации и сборщиков налогов они разорялись и были вынуждены уезжать, продавая за бесценок новоприобретенные земли в Бухаре, а российские власти не реагировали на их жалобы, поскольку считали, что увеличение числа русских поселенцев нарушает интересы эмира, что на данном этапе русско-бухарских отношений не было выгодно Российской империи [Искандаров, 1963, с. 206].
Вместе с тем в случае нарушений правил торговли со стороны частных лиц — местных торговцев — российские власти проявляли большую активность по защите русско-подданных. В Бухаре подобные дела рассматривались Российским политическим агентством — на основе Положения «О круге ведомства мировых судей в Бухарском ханстве, Самаркандского Окружного Суда и российского политического агента в Бухаре по возникающим в пределах Бухарского ханства судебным делам», принятого в 1892 г. в качестве дополнения к «Положению об управлении Туркестанского края» 1886 г. [СЗРИ, 1912, с. 452–453]. В Хивинском же ханстве, где подобного российского представительства не существовало, его функции фактически выполнял Амударьинский отдел, функции начальника которого по отношению к хану Хивы во многом были аналогичны функциям политического агента по отношению к бухарскому эмиру.