Выступления Ковалевского в печати касались и вопросов реформы государственного управления. Наиболее перспективной формой устроения государства, определившей политическое развитие в XIX веке, Ковалевский считал
По отзывам современников, Ковалевский по возвращении на родину «стал знаменем, символом русской культуры и всех русских культурных начинаний». Ему была свойственна безграничная вера в силу просвещения и культуры, их спасительную миссию. В разговоре с друзьями он сказал как-то: «Я не сомневаюсь в том, что гораздо действеннее писать статьи, чем бросать бомбы…» Ковалевский всегда старался следовать наставлению Иоанна Златоуста: «Убеждай с кротостью». «Можно ненавидеть ложное учение, но не человека, его исповедующего. Любовь – высшая учительница; она одна может содействовать освобождению людей от заблуждения».
В сентябре 1905 года Ковалевский, как человек, «никогда не изменявший либеральному знамени», был приглашен участвовать в съезде земских и городских деятелей, состоявшемся в Москве. Разделяя позицию съезда о необходимости расширения полномочий Государственной думы и упрочения гражданских и политических свобод, Ковалевский выступил с особым мнением по аграрной программе. На первый план при разрешении вопроса об утолении земельного голода крестьян он ставил правильно организованную переселенческую кампанию, а также «широкое наделение казенными землями, принудительный выкуп одних латифундий, ничем не стесняемую свободу самим крестьянам переходить от общинного к подворному или семейному пользованию».
В ноябре 1905 года Ковалевский принял участие в очередном земском съезде. Его откровенное заявление о том, что республика кажется ему в России так же мало мыслимой, как монархия во Франции, снова встретило осуждение многих радикальных делегатов съезда.
Восприняв близко к сердцу свой «полууспех» на родине, Ковалевский уехал из России в Париж. В письме к своему давнему другу А.И. Чупрову от 14 декабря 1905 года он так описывал ситуацию в России, пережитую им недавно: «Я вынес впечатление дома умалишенных, в котором одни стачечники знают, что делают, а революционеры к ним примазываются, уверяя, что они пахали… Либеральные земцы все протягивают руку налево… Вся эта либерально-демократическая комедия… производит впечатление сплошной мерзости. Господа эти всего боятся – даже того, чтобы называть вещи по имени: бунт матросов – бунтом, а грабеж усадеб – грабежом. Я тщетно предлагал им в бюро подобного рода резолюции. У них не хватает смелости принять их».
Отголоском всего этого, по выражению Ковалевского, «бедлама» стало поведение русской колонии в Париже. «По моем приезде студенты школы попросили меня прочесть им лекцию о русских событиях, а затем потребовали от меня отчета, как я смею не быть республиканцем в России. Лекция закончилась аплодисментами и свистками… Я прекратил чтения, и школа закрыта не то временно, не то навсегда. И к лучшему. Теперь уже никто не хочет учиться, и все заняты только тем, чтобы внедрять в других честные убеждения клеветою и физическим насилием. Красные хулиганы стоят черных…»