Пребывание Ковалевского в Париже в 1905–1907 годах оказалось недолгим. Сложные перипетии общественной жизни втянули его в круговорот событий на родине. Вернувшись вскоре в Петербург, Ковалевский, по его словам, «сразу очутился в центре всего движения». Первым делом он основал в Петербурге газету «Страна», издававшуюся с февраля 1906 по январь 1907 года. В редакции активно работали приглашенные Ковалевским профессор политэкономии И.И. Иванюков, видный экономист А.С. Посников, правовед Ю.С. Гамбаров, известный в России либеральный публицист К.К. Арсеньев, литературоведы Н.А. Котляревский и Д.Н. Овсянико-Куликовский. К тому времени большинство членов редакции уже состояло в недавно созданной Партии демократических реформ (ПДР). Ковалевский примкнул к этой партии и принял активное участие в выработке ее политической программы. Газета «Страна» стала фактически органом партии.
Достойным поприщем для Ковалевского как политика и общественного деятеля могла стать Государственная дума. Работа в комиссиях первого русского парламента предоставляла возможность оказывать непосредственное влияние на формирование государственной политики. Посоветовавшись с В.О. Ключевским, политические воззрения которого были ему близки, Ковалевский принял решение выставить свою кандидатуру в Думу от Харьковской губернии. Ситуация для избрания складывалась благоприятно. Ковалевский вспоминал: «Так как никто особенно не стремился сделаться депутатом, опасаясь, как бы не навлечь тем самым на себя беды, то отношение было более или менее следующее: хочешь лезть в петлю, ступай – мы тебе препятствовать не будем».
Выступления Ковалевского в I Думе начались с обсуждения адреса в ответ на тронную речь царя в день открытия народного представительства 27 апреля 1906 года. Исходя из опыта западных демократий, Ковалевский предлагал включить в ответный адрес выражение признательности монарху со стороны народных представителей за дарованную им возможность участия в законодательной деятельности. Одновременно он настаивал на необходимости включения в адрес выражения готовности Думы к рассмотрению возможно большего числа государственных вопросов, в частности внешней политики России.
С каждым днем работы I Думы крупная фигура Ковалевского все чаще появлялась за думской кафедрой. «С верхних скамей, на которых я расположился с прочими членами от Харьковской губернии, меня пригласили пересесть на нижние, чтобы не тратить времени и быть поближе к трибуне», – вспоминал Ковалевский. «Учитель-депутат» – так отзывались о нем соратники. Неоднократно в заседаниях Ковалевский выступал со справками по истории парламентаризма и практике народных представительств в западных странах. Эти речи часто вызывали неоднозначную реакцию среди депутатов как «справа», так и «слева».
Независимость Ковалевского от какой-либо партийной программы (по выражению Милюкова, его «недисциплинированность») часто проявлялась в ходе думских заседаний. Так, пытаясь приостановить применение смертной казни на то время, пока соответствующий законопроект прорабатывается в Думе, Ковалевский предложил депутатам обратиться с соответствующей петицией к царю. «Кадеты и трудовики почему-то сочли унизительной форму петиции, но я нашел поддержку в более консервативной части Думы», – вспоминал Ковалевский. Собрав несколько тысяч подписей, он отвез петицию в Петергоф – летнюю резиденцию Николая II. «Никакого ответа на нее не последовало», – констатировал Ковалевский.
Речи Ковалевского в Думе часто служили ему материалом для газетных статей в «Стране». Желая оказать воздействие на ход прений, он бесплатно рассылал свою газету многим депутатам без различия партий. «Кадеты относились ко мне с оглядкой, не всегда уверенные в том, что я буду голосовать с ними в унисон», – писал Ковалевский. Тем не менее леволиберальная Дума выбрала Ковалевского руководителем и членом многих парламентских комиссий. Он, например, возглавил комиссию по составлению закона о личной свободе. Ею было принято предложение Ковалевского придерживаться в своей деятельности английского принципа
Известие о роспуске I Думы настигло Ковалевского в Лондоне, куда он прибыл во главе думской делегации на конференцию Межпарламентской ассоциации мира. Политическая деятельность Ковалевского в России получила высокую оценку и признание международной общественности. «Когда бюрократическое самодержавие превратится в конституционную монархию, когда революция уляжется и начнется эволюция, Максим Ковалевский будет фигурировать в первом ряду обновителей русского отечества», – отмечалось в парижском издании «Век» в мае 1906 года.