Когда мальчику было пять лет, его отец умер от лейкемии. Теперь главным авторитетом для него стал дед по матери, знаток Библии и Талмуда. Он познакомил внука с древнееврейским языком, приучив читать на нем Библию. Разумеется, как и положено молодым людям, к шестнадцати Семен годам утратил веру, но возврат к Богу (причем к православию, а не к иудаизму) прошел тем легче, что с детства он почти наизусть знал тексты Священного Писания. Вообще Франку легко давались языки, особенно хорошо знал он немецкий, с детства свободно говоря как на нем, так и на русском. В 1886 году мальчик, которому еще не исполнилось десяти лет, поступил в Лазаревский институт восточных языков; он проучился там около шести лет. А в 1891 году его мать вышла замуж за Василия Ивановича Зака – бывшего ссыльного народника, идеалиста и революционера. В 1892-м семья переехала в Нижний Новгород, где началось общественное воспитание подростка, оказавшегося свидетелем споров народников и первых марксистов. Вообще, Волга, как известно, дала чрезвычайно много радикальных мыслителей и деятелей. Под влиянием отчима Семен читал Михайловского, Писарева, Добролюбова, Лаврова и др. Он поступает в гимназию, но интерес к общественной борьбе не пропадает, и Франк оказывается в марксистских кружках, напряженно ища истину общественного бытия. Закончив гимназию, он возвращается в Москву и поступает на юридический факультет Московского университета. При этом активизируется пропагандистско-конспиративная деятельность юного марксиста среди рабочих (место его пропаганды – Сокольники, северный район Москвы).
Однако в 1896 году Франк порывает с этой деятельностью; после мучительных терзаний и объяснений с товарищами он уходит в науку и общественно-философскую публицистику. А в 1898 году знакомится с П. Б. Струве, который с начала 1900-х становится его ближайшим другом на всю жизнь. На два года Семен Людвигович уезжает в Берлин, где слушает неокантианца Георга Зиммеля, изучает труды Виндельбанда и Риккерта. Вернувшись в Москву, он в 1900 году публикует первую критическую в русской марксистской литературе книгу «Теория ценности Маркса и ее значение. Критический этюд». Марксистские ортодоксы уже тогда почувствовали во Франке реального противника. В своем «Дневнике» конца 1901 года он записывал: «Я имел честь быть обруганным и оплеванным самым великим инквизитором российского (да и европейского) ортодоксального марксизма Жоржем Плехановым. Он с пеной у рта, с наглыми инсинуациями и передержками обругал мою книгу. Итак, отлучение от православной церкви марксизма торжественно подтверждено: я уже давно мечтал об этом». Самый главный великий инквизитор (т.е. Ленин, по определению Ильи Эренбурга, одобренному и самим вождем) был еще не очень заметен. Их столкновение состоится позже. Пока же, отойдя от ортодоксального марксизма, Франк пытается противопоставить русскому радикализму либеральные ценности.
В журнале «Новый путь» за 1904 год (№ 11) Франк опубликовал статью «Государство и личность (По поводу 40-летия судебных уставов Александра II)». В ней написано: «Никакое счастье, никакое прочное устроение жизни невозможно при порабощении личности, этого творца всякого общественного прогресса, и, с другой стороны, никакое развитие личной духовной жизни невозможно на почве неустройства внешней, материальной жизни, на почве обездоленности народа. Несмотря на это, как в нравственной жизни отдельной личности, так и в политике общества, оба указанных начала нередко вступают в коллизию между собой, и одно из них приносится в жертву другому». Основные отстаиваемые Франком ценности – это классические либеральные ценности: свобода личности, общества и чувство человеческого достоинства, которое нельзя подчинять никакой внешней доктрине. Тем не менее он вполне отдает себе отчет в необходимости социальных преобразований, призванных преодолеть «обездоленность народа». Но решает ли этот вопрос радикальный нигилизм? Здесь у Франка возникают большие сомнения, ибо обездоленность преодолевается через полноту жизни, а не через запреты духовных интересов. Свою общественно-нравственную позицию, направленную против утилитарной этики русских народников и марксистов, он в 1903 году определил в письме к П. Струве: «Русская национально-историческая задача теперь – это осуществление европейских идеалов. Гегель бы сказал, что европейский „дух“ переселился в Россию и должен в ней себя проявить. Практически это сводится к тому, чтобы указать на неуместность того отрицательного отношения к истинным основам политического либерализма, которое у нас так в ходу». А после мартовских выборов в I Думу он писал о единстве народа и интеллигенции.