Президент обладал правом законодательной инициативы; он имел право «вето», которое могло быть преодолено в Верховном Совете СССР большинством в две трети голосов в каждой из палат. При разногласиях между Советом Союза и Советом национальностей Верховного Совета СССР президент мог подключиться к поиску приемлемого решения. Если же согласие не достигалось и создавалась угроза нормальной деятельности высших органов СССР, он мог предложить Съезду избрать Верховный Совет в новом составе.
С учреждением поста Президента СССР в Конституции СССР предусматривалось создание ряда органов под его руководством. Это Совет Федерации, состоящий из высших государственных должностных лиц союзных республик, и Президентский совет, задачей которого была выработка мер по реализации основных направлений внутренней и внешней политики СССР, обеспечению безопасности страны. Вносились соответствующие коррективы в полномочия других государственных органов, например предусматривалась возможность обращения президента в Комитет конституционного надзора СССР, в том числе и для оценки актов союзных республик, и, в свою очередь, право Комитета давать оценку актов Президента СССР.
Конструкция взаимоотношений Президента СССР, Съезда народных депутатов СССР, Верховного Совета и правительства страны в целом была достаточно сбалансированной с точки зрения разграничения полномочий между законодательной и исполнительной ветвями власти. По крайней мере, речь не шла о каких-либо сверхполномочиях президента, подавляющих представительную власть. Однако в этой конструкции был главный дефект: она по-прежнему предполагала сохранение роли КПСС как гаранта союзной государственности, что уже давно не соответствовало реальности.
В марте 1990 года на Съезде народных депутатов СССР из текста Конституции СССР было исключено упоминание о руководящей роли КПСС. Статья 6 Конституции СССР стала гласить, что «Коммунистическая партия Советского Союза, другие политические партии, а также профсоюзные, молодежные, иные общественные организации и массовые движения через своих представителей, избранных в Советы народных депутатов, и в других формах участвуют в выработке политики Советского государства, в управлении государственными и общественными делами». Этим решением однопартийности как конституционному принципу формально был положен конец. Плюрализм и многопартийность поднимались на конституционный уровень.
Более того, в посвященной праву граждан на объединение и получившей новую редакцию статье 51 Конституции говорилось, «что граждане СССР имеют право объединяться в политические партии, общественные организации, участвовать в массовых движениях, которые способствуют развитию политической активности и самодеятельности, удовлетворению их многообразных интересов». Новый конституционный принцип многопартийности только провозглашался. Как показала практика, его реализация столкнулась с множеством трудностей, в том числе с прямым противодействием структур КПСС, государственных органов. С другой стороны, деятельность новых субъектов политической жизни еще не была законодательно подкреплена. Они действовали во многом неформально и преимущественно с ярко выраженной антикоммунистической направленностью. Все это явно не способствовало утверждению реальной многопартийности и преодолению всевластия Коммунистической партии.
Слабая проработанность конструкции, включавшей Съезд народных депутатов и Верховный Совет, привела к тому, что далеко не все союзные республики последовали общефедеральному примеру. Однако в Российской Федерации эта схема была принята. В 1989 году в Конституцию России были внесены соответствующие поправки, а весной 1990 года состоялись выборы народных депутатов РСФСР. В отличие от общесоюзного Верховного Совета, который в Конституции назывался самостоятельным органом, хотя и формировался съездом, Верховный Совет РСФСР, согласно Конституции РСФСР, считался органом Съезда народных депутатов. Российский съезд численно был меньше общесоюзного, в него входили 1068 депутатов. Не было предусмотрено в РСФСР в отличие от союзного уровня специальных выборов части депутатов от общественных организаций. В 1990 году Верховный Совет России стал двухпалатным, что отвечало признанной уже на протяжении ряда десятилетий федеративной форме государственного устройства РСФСР. Учитывался предыдущий советский опыт: палаты Верховного Совета – Совет Республики и Совет национальностей – были провозглашены равноправными, и для них была установлена равная численность членов.