Важно подчеркнуть, что к обязанностям избирательных комиссий относилось и такое странное с позиции сегодняшнего дня полномочие, как организация выдвижения кандидатов. Дело в том, что комиссиям предстояло организовывать альтернативные выборы. Если по округу выдвигалось более двух кандидатов, избирательными комиссиями созывались окружные предвыборные собрания, на которых и принимались решения о регистрации кандидатов или об отказе в этом. Этим, с одной стороны, вроде бы создавались организационные условия для обеспечения альтернативности выборов. С другой же стороны, комиссии, окружные предвыборные собрания становились фильтрами, сдерживающими альтернативность. При этом закон содержал противоречивые нормы, касающиеся полномочия комиссий. О постоянном характере их работы свидетельствовало то, что комиссии обеспечивали организацию проведения повторного голосования и повторных выборов, выборов депутата вместо выбывшего, а также решение вопросов, связанных с отзывом депутата. Вместе с тем указывалось, что в случае проведения выборов народных депутатов СССР вместо выбывших окружная избирательная комиссия формируется за 50 дней выборов; тем самым ставился под сомнение статус комиссий, созданных ранее.
В ходе организации альтернативных выборов народных депутатов СССР 1989 года и выборов в РСФСР 1990 года от избирательных комиссий потребовалось решение ряда проблем, ранее не встававших перед ними. Вследствие применения мажоритарной избирательной системы после первого тура выборов часть мандатов объективно оказалась свободной, так как по ряду избирательных округов баллотировалось не более двух кандидатов: если ни один из них не набирал необходимого числа голосов избирателей, проводились повторные выборы. Однако на повторных выборах в некоторых округах баллотировалось до 20 кандидатур. Такая альтернативность выборов вызывала желание избирательных комиссий сократить число претендентов, с тем чтобы выборы все-таки состоялись и выявили победителя. Большинство конфликтов избирательных комиссий с участниками избирательной кампании было связано с отказом окружных предвыборных собраний (по различным причинам) регистрировать новых кандидатов, особенно тех из них, которые не проживали или не работали на территории избирательного округа (в этом случае сказалась нечеткость законодательных формулировок, когда оговорка «как правило» позволяла окружным избирательным комиссиям принимать прямо противоположные решения по однотипным вопросам).
Законом РСФСР «О выборах народных депутатов местных Советов народных депутатов РСФСР» также было установлено новое правило: выборы проводятся по одномандатным и многомандатным избирательным округам. При этом по решению соответствующих Советов выборы по многомандатным избирательным округам могли проводиться на уровне городских, районных в городах, поселковых и сельских Советов. Практика реализации нового избирательного законодательства на местном уровне также породила трудности в работе избирательных комиссий.
Тем не менее в тот период, несмотря на отмеченные недостатки, в целом происходило заметное обогащение функций избирательных комиссий. В частности, в связи с развитием непосредственных форм осуществления народовластия у избирательных комиссий появились дополнительные обязанности по организации и проведению всесоюзного и российского референдумов. У комиссий появились и такие полномочия, как проверка правильности заполнения подписных листов с подписями избирателей в поддержку инициативы о назначении референдума. В соответствии с законом инициатива проведения референдума принадлежала гражданам СССР при условии образования ими инициативной группы и сбора подписей не менее двух миллионов граждан, обладающих правом участвовать в референдуме. При этом Центральная комиссия референдума была обязана проверить соблюдение инициативной группой процедуры сбора подписей и занести результаты сбора подписей в итоговый протокол, после чего направить документы в Верховный Совет СССР. Окончательное право проверки достоверности подписей граждан было предоставлено исполкомам соответствующих Советов народных депутатов. При этом законодатель оставил открытым вопрос о том, какие действия могла предпринимать Центральная комиссия референдума в случае обнаружения ею недостоверных подписей избирателей в подписных листах. В свою очередь, в отличие от союзного закона российский закон не отнес к полномочиям Центральной комиссии референдума совершение каких-либо действий, связанных с проверкой подписных листов референдума. Данное полномочие принадлежало Президиуму Верховного Совета РСФСР.