В конце 1809 — начале 1810 г. Альенде по предложению Идальго неоднократно ездил в Мехико, Веракрус, Керетаро для изучения политических настроений в этих городах и установления связей с местными патриотами. В конце февраля 1810 г. Идальго и Альенде вместе отправились в Керетаро, где встретились с одним из участников вальядолидского заговора — доктором канонического права Мануэлем Итурриагой. По договоренности с ними Итурриага тогда же разработал план, предусматривавший создание революционных хунт в наиболее важных центрах. Они должны были вести тайную агитацию против Испании, а с началом вооруженной борьбы в колонии — поднять восстание, каждая в соответствующем районе, отстранить колониальную администрацию, арестовать богатых испанцев и конфисковать их имущество. Управление страной предполагалось передать хунте из представителей провинций, которая номинально действовала бы от имени Фердинанда VII, но фактически испанское господство имелось в виду полностью ликвидировать.
Во исполнение этого плана в Керетаро началась подготовка к образованию хунты. С той же целью Альенде объехал различные города и селения, тогда как Идальго стремился приобрести сторонников среди рабочих мануфактур и остальных жителей Долорес, вел переписку со своими единомышленниками в других местах. В июле революционная хунта была создана в Сан-Мигеле, а вскоре возникли хунты в Керетаро, Селае, Гуанахуато, Сан-Луис-Потоси.
Главным центром антииспанской деятельности стал Керетаро, что в значительной мере объяснялось его географическим положением. Этот город являлся важным узлом коммуникаций, связывавших его со столицей и провинциальными центрами. Там часто происходили конспиративные встречи патриотов. В них участвовали, помимо Альенде, Альдамы, доктора Итурриаги, также священник Хосе Мария Санчес, лавочник Эпигменио Гонсалес, почтовый чиновник Гальван, капитан ополчения Хоакин Ариас и некоторые другие офицеры. Патриотам сочувствовал и поддерживал с ними отношения коррехидор Керетаро Мигель Домингес. Просвещенный человек, в прошлом соученик Идальго по колехио Сан Николас, он пользовался широкой популярностью среди трудового люда за свои выступления против эксплуатации индейцев владельцами мануфактур и злоупотреблений колониальных чиновников. Непременной участницей тайных собраний заговорщиков была и жена коррехидора — Хосефа Ортис де Домингес.
На заседаниях революционной хунты, устраивавшихся под видом литературных вечеров, обсуждался план действий, которые предполагалось начать 8 декабря 1810 г., в день, когда достигнет кульминации крупнейшая ежегодная ярмарка в Сан-Хуан-де-лос-Лагос (северо-западнее Гуанахуато). Туда съезжались купцы, ремесленники, крестьяне из Керетаро, Сан-Луис-Потоси, Гвадалахары, Селаи, Вальядолида, Сакатекаса и прочих населенных пунктов{24}
. Ярмарка длилась обычно в течение первых двух недель декабря. 8 декабря устраивались торжества в честь местной святой. Ее чудотворная икона всегда привлекала в Сан-Хуан-де-лос-Лагос многие тысячи паломников, большинство которых составляли индейцы.Идальго был непосредственно связан с керетарской хунтой. Хотя его положение священника не давало возможности часто покидать приход, он в августе и сентябре дважды побывал в Керетаро. В тот же период Идальго посетил также Сан-Мигель-эль-Гранде и Вальядолид. Альенде и Альдама, в свою очередь, не раз приезжали в Долорес. Находясь в своем приходе, Идальго продолжал вести антииспанскую агитацию и переписывался со своими друзьями в Сан-Фелипе и Сан-Луис-Потоси. По его инициативе в мастерских и мануфактурах Долорес изготовлялось оружие.
Идальго стал душой и признанным руководителем патриотической организации. Это было вполне естественно не только потому, что он по интеллектуальному уровню, широте кругозора, организационным способностям, жизненному опыту бесспорно превосходил своих единомышленников. Большое значение имели его популярность среди различных слоев населения и духовный сан. В устах уважаемого священника революционные лозунги, которым он сумел придать религиозную окраску, связав их с борьбой за чистоту католической веры против ее осквернителей — испанских колонизаторов, звучали особенно убедительно. Облеченные в такую форму, они были понятны многим простым людям, не искушенным в политике и социальных вопросах.
В начале сентября Идальго и его приверженцы пришли к выводу, что подготовка восстания будет завершена быстрее, чем предполагалось. Поэтому они решили начать на два с лишним месяца раньше намеченного срока, рассчитывая выступить 2 октября одновременно в Керетаро и Сан-Мигеле. Однако события опередили их расчеты и намерения.