Петр обещал Алексею «милость», если он назовет своих сообщников. Алексей назвал Кикина, Вяземского, царевну Марию Алексеевну. Арестовали Якова Игнатьева, Абрама Лопухина и др. Привлечена была к розыску и Евдокия Лопухина, и близкие к ней архиепископ Досифей и майор Глебов. Глебов после пытки кнутом, раскаленным железом и углями был посажен на кол. Кикин и Досифей были колесованы. Многих придворных дам били батогами. Вскоре начался допрос любовницы Алексея — Ефросиньи и, наконец, самого Алексея. В Петергофе Алексея и Ефросинью тайно допрашивал сам Петр. Царевич был заключен в Петропавловскую крепость. Уличенный Алексей показал, что «ежели бы бунтовщики меня когда-нибудь позвали», он бы возглавил заговор. Виновность царевича была установлена.
Петр тяжело переживал измену сына. В Петре боролись два человека — отец и государь. Алексей был его единственным сыном, плотью от плоти его, он был «свой», но «свой непотребный». Пощадить сына — значило пощадить государственного преступника, казнить преступника означало убить сына, пусть «непотребного», не оправдавшего надежд, принесшего Петру одни разочарования, но все же родного. Кто победит в Петре — царь или отец?
И победил царь.
Особая комиссия в составе 127 человек вынесла царевичу смертный приговор за то, что он «намерен был овладеть престолом через бунтовщиков, чрез чужестранную цесарскую помощь и иноземные войска, с разорением всего государства».
26 июня 1718 г. царевича Алексея не стало. Тело его лежало в Трубецком раскате Петропавловской крепости, в одном из казематов, куда он был заключен.
Мы не знаем обстоятельств смерти Алексея. Был ли приведен в исполнение приговор над царевичем, как и кем была совершена казнь, кто присутствовал при ней, умер ли царевич Алексей до исполнения приговора — все это неизвестно. Среди современников ходили слухи о том, что царевичу сам Петр отрубил голову, толковали о том, что ему открыли вены. Никто из современников не считал его смерть естественной. Правительственное сообщение гласило, что царевич скончался при чтении приговора от удара. Сохранилось письмо Александра Румянцева, из которого следует, что царевич Алексей был задушен подушками автором письма, Бутурлиным, Толстым и Ушаковым.
Устрялов, первым опубликовавший материал о деле Алексея Петровича, сообщает, что царевич скончался вследствие пыток, которым его подвергли в 8 часов утра 26 июня.
По странной иронии истории Петропавловская крепость, воздвигнутая Петром для того, чтобы «грозить шведам», никогда крепостью не была, а превратилась в тюрьму, первым заключенным которой стал сын ее основателя и строителя.
«Гнездо Петрово»
Нелегко было царю Петру совершать свои великие дела. Мы уже видели, какое противодействие встречал Петр среди близких к престолу боярских и дворянских кругов и даже в собственной семье. Нелегко было преодолеть косность русского дворянства. Недаром Иван Посошков говорил: «Наш монарх на гору еще самдесять тянет, а под гору миллионы тянут». Петр жаловался Екатерине: «Левшею не умею владеть, а в одной руке принужден держать шпагу и перо а помощников сколько, сама знаешь». Тем более заслуживают внимания те, кто, несмотря на трудности, по мере сил помогали Петру в его преобразованиях.
Сподвижниками Петра были люди различного происхождения. Его окружали и старинные боярские роды, правившие Русью еще в XVII в.: Долгорукие, Голицыны, Головины, Шереметевы, Бутурлины, Ромодановские. Среди «птенцов гнезда Петрова» было немало и новых людей из столичных дворянских родов: тут и знаменитый историк Василий Никитич Татищев; тут и искуснейший дипломат, «умнейшая голова в России» (как отозвался о нем французский посол Кампредон) граф Петр Толстой; тут и известный русский адмирал граф Апраксин, сват и друг царя, но тайный враг его преобразований и многие другие. Немало иноземцев стали влиятельными людьми и ближайшими соратниками Петра.
Чувствуя недостаток в деятельных, умных и преданных делу людях из дворянства и никогда, в отличие от своих предков, не придавая значения «породе», Петр приближал к себе людей и «из самого подлого рода».