Ночью, услышав ружейные выстрелы у себя в тылу и опасаясь быть отрезанным от Казани, Кар приказал войску утром 9 ноября покинуть Юзеевку, и идти на соединение с ротой гренадер. Генерал не знал, что гренадеры уже потеряны для него. По выходе в поле он был окружен восставшими в количестве до 1 тыс. человек при 9 орудиях и атакован. Пугачевцы под командованием Овчинникова и Зарубина-Чики действовали стремительно и умело. Их артиллерия превосходила артиллерию Кара и подавила ее метким огнем. Иван Шишка, канонир из горнозаводских рабочих, вывел из строя единственный единорог Кара. Энергичные атаки пугачевской конницы, артиллерийский огонь, переход на сторону восставших экономических и дворцовых крестьян, угрозы солдат, что и они бросят ружья, сделали свое дело. Отряд Кара был разбит и отступил. Восемь часов пугачевцы преследовали его и не добили только потому, что, по словам Овчинникова, «не достало у нас картузов» (зарядов). Кар понимал, что ему нужны подкрепления, и не в виде команд, а целых полков. Понял он и основную причину своих неудач, которую усматривал в том, что «люди не тверды». 10 ноября Кар отправил курьера к полковнику Чернышеву, но тот был перехвачен пугачевцами. О движении Чернышева к Оренбургу, кроме того, сообщил Пугачеву один казак. 13 ноября у самого города отряд Чернышева был окружен повстанцами под командованием самого Пугачева. Ставропольские крещеные православные калмыки и казаки сразу же перешли на сторону восставших, а через четверть часа их примеру последовали и солдаты. Чернышев пытался скрыться в одежде простого возчика, но был опознан и повешен вместе с другими офицерами.
Видя, что весь край в «генеральном колебании», Кар передал командование, а сам, сославшись на болезнь, уехал в Казань, а затем в Москву, чем вызвал страшное смятение и переполох среди дворян.
Правительство уже не могло скрывать всей серьезности событий на востоке страны. Так закончилась полным провалом первая попытка правительства одним концентрированным ударом разгромить Пугачева. Кар не оправдал доверия правительства и дворянства и не только не «изловил» Пугачева, но сам бежал от него.
29 ноября командование войсками, действовавшими против Пугачева, Екатерина II возложила на искусного дипломата и энергичного генерала, проявившего себя «с самой лучшей стороны» при подавлении волнений заводских крестьян, А. И. Бибикова.
Бибиков был облечен неограниченной властью. В его ведение поступала особая Секретная комиссия. В середине января в распоряжении Бибикова было: около 3 тыс. солдат и офицеров при 16 орудиях; отряд Фреймана, насчитывавший 1754 человека при 11 орудиях; отряд Деколонга, состоявший из двух полевых легких команд, трех гарнизонных, одной губернской роты и 150 казаков; 500 донских казаков под командованием Грекова; Казанское, Сибирское, Пензенское и другие дворянские ополчения и местные гарнизоны.
Правительство готовило решительное наступление.
Из Петербурга в Оренбург были направлены яицкие казаки Петр Герасимов и Афанасий Перфильев с целью уговорить казаков схватить или убить Пугачева. Но Перфильев перешел на сторону Пугачева, стал активным участником Крестьянской войны, сотником яицкого казачьего войска, пугачевским полковником и генерал-аншефом, одним из его ближайших сподвижников, который «у самозванца в полной власти был», и пошел на плаху вместе с Пугачевым.
В бессильной злобе Екатерина II приказала расправиться с семьей Пугачева. Жена и дети Пугачева, сын Трофим и дочери Аграфена и Христина, бедствовавшие и бродившие «между двор», были арестованы и отправлены в тюрьму в Казань. Дом Пугачева, купленный одним казаком и свезенный в другую станицу, перевезли на старое место в Зимовейскую станицу, сожгли вместе с плетнем и садом и развеяли пепел по ветру. Место, где стоял дом Пугачева, окопали рвом «для оставления на вечные времена без поселения». Конечно, семья Пугачева не представляла для властей никакой угрозы. Бибиков понимал, что «не Пугачев важен», важно «всеобщее негодование». А «всеобщее негодование» росло, и Крестьянская война охватывала все новые и новые районы.
Получив известие о разгроме войска Кара и Чернышева, Рейнсдорп одновременно узнал о продвижении к Оренбургу корпуса бригадира Корфа. Но об этом марше узнал и Пугачев. Рейнсдорп, беспокоясь, чтобы Корфа не постигла участь Чернышева, выслал на помощь ему отряд. Пугачев, в свою очередь, послал для разведывания численности отряда Корфа Зарубина-Чику с пятью казаками. Но весть о появлении Корфа пришла в Берду с опозданием. «Пооплошал» и сам Пугачев, дав приказ своим людям обедать. Когда спохватились, было уже поздно: отряд Корфа под прикрытием полевой гарнизонной команды, отстреливаясь от разрозненных групп пугачевцев, входил в город.
На следующий же день, 14 ноября, Рейнсдорп предпринял вылазку отрядом в 2500 человек при 22 орудиях. Он пытался захватить Берду, прорвать блокаду Оренбурга и разгромить войска восставших.