Своеобразной вехой в истории Новороссии стала очередная Русско-турецкая война, начавшаяся в конце 1806 г. Причиной этого конфликта во многом стали интриги французской дипломатии во главе с посланником в Стамбуле генералом О. Себастьяни. Наполеону было тогда крайне выгодно отвлечь хотя бы часть российских сил от идущих в Европе боевых действий между французами и их союзниками и силами антинаполеоновских коалиций, важнейшим членом которых являлась Россия.
Поводом к войне стали отстранения от власти еще в августе 1803 г. господарей Молдавии Александра Мурузи и Валахии Константина Ипсиланти. Однако по Кучук-Кайнарджийскому и Ясскому договорам назначение и смещение глав Молдавии и Валахии султаном могли осуществляться только с согласия России.
В ноябре 1806 г. в Дунайские княжества начали входить русские войска под командованием генерала И.И. Михельсона. Подобные действия России не противоречили содержанию актикула 16 Кучук-Кайнарджийского мирного договора, посвященного Молдавии и Валахии. Войскам Михельсона сразу добровольно сдались мощные крепости Хотин, Бендеры, Аккерман, Килия. Не капитулировал лишь гарнизон Измаила. Одновременно в Валахию вошли турецкие войска из крепости Рущук. Они переправились через Дунай и ворвались в Бухарест. Город и его жители подверглись жестоким насилиям и разорению. Однако корпус М.А. Милорадовича, к тому времени уже перешедший через Днестр, стремительным броском достиг Бухареста и 13 декабря заставил турок спешно бежать из города и отойти в крепость Журжу. Тем самым Милорадович предотвратил разорение Валахии. За кампанию 1806 г. он был награжден алмазной шпагой с надписью: «За храбрость и спасение Бухареста». 18 декабря 1806 г. Порта объявила войну России.
Незначительность сил, которые Россия могла позволить выделить на борьбу с Турцией из-за ожесточенной борьбы с армией Наполеона у своих западных границ, обусловила вялое развитие военных действий в 1807 г. На первом этапе этой войны Турция воевала против России в союзе с Францией. Война приняла затяжной характер. Михельсону приказали ограничиться обороной. Не удалось взять Измаил и Браилов. Правда, корпус Милорадовича разгромил отряд неприятеля у села Турбат, но затем отошёл к Бухаресту. Вскоре 40‑тысячная османская армия во главе с визирем перешла Дунай у Силистрии и двинулась к Бухаресту. Однако 2 июня 1807 г. Милорадович во главе 4,5‑тысячного отряда разбил 13‑тысячный авангард турецкого войска у города Обилешти. Турки отступили за Дунай. В тот же период русский отряд пришел на помощь сербам, восставшим против османского ига еще в 1801 г.
Предписывая в основном обороняться на Дунае и на Кавказе, руководство России возлагало наступательные действия на Черноморский флот и эскадру адмирала Д.Н. Сенявина, действовавшую в архипелаге.
Еще в 1804 г. стало известно о намерении французов вновь овладеть Ионическими островами и о приготовлении для этого Наполеоном тулонского флота. Сенявину, который в следующем году был произведен в чин контр-адмирала, было поручено отправиться к Корфу для принятия под свое командование всех сухопутных и морских сил Ионической республики, ожидавшей помощи от России.
Эскадра Сенявина состояла из 6‑пушечных фрегатов и вышла 10 сентября 1805 г. из Балтийского моря и 18 января 1806 г. достигла Корфу. На Корфу эскадра Сенявина объединилась с эскадрой А.С. Грейга, находящейся здесь со времен экспедиции Ф.Ф. Ушакова 1798—1799 гг. Эскадра, базирующаяся на Корфу, включала в себя 6 линейных кораблей, 4 фрегата, 4 корвета, 2 больших военных транспорта, 5 бригов и шхуну. Весь флот состоял из 10 линейных кораблей, 4 фрегатов, 6 корветов, 7 бригов, 2 шебек, шхуны и 12 канонерских лодок.
Адмиралу было приказано защищать республику Семи Ионических островов от Наполеона, не допускать французов к греческим или турецким владениям и оказывать помощь австрийскому генералу Лесси, защищавшему Неаполитанское королевство. Однако поражение под Аустерлицем сделало невозможным пребывание генерала Лесси в Средиземном море, и после его отъезда Сенявин остался главнокомандующим всех военных сил в этом регионе.
Положение осложнялось тем, что по Пресбургскому миру между Австрией и Францией, к которому не присоединилась Россия, Далмация уступалась Франции. Сенявину приходилось иметь дело с двумя врагами – французами, явными, и австрийцами – тайными. В борьбе с австрийцами Сенявин старался воспользоваться недоверчивым отношением далматинцев и черногорцев к последним.
Утвердившись на острове Корфу, Сенявин составил план дальнейших действий. По этому плану было решено блокировать все порты, отошедшие от Австрии к Франции и предпринять все возможное, чтобы не допустить французов в Рагузу. Свой план он успешно стал проводить в действие, занял Бока-ди-Катаро и встретил полное сочувствие со стороны местного, главным образом черногорского, населения и Петра Негоша. Местные жители снарядили до тридцати кораблей и выставили до двенадцати тысяч добровольцев.