Действия Сенявина приняли настолько внушительный характер, что ему удалось заставить австрийцев отпустить русские суда, задержанные ими по указанию Наполеона в Триесте. Он уже строил план перенесения военных действий с Корфу в Далмацию, и отрезать тем самым морское сообщение этой страны с Испанией, и тем самым расстроить замыслы Наполеона относительно Греции.
Но действия Сенявина встретили большие затруднения со стороны русской дипломатии. В марте 1806 г. он получил приказ покинуть Адриатическое море и отправиться с эскадрой в Черное море. Но Сенявин продолжал вести военные действия против французов. Затем он получил предписание сдать Катаро австрийцам для передачи ими ее Наполеону. Узнав об этом, местное население упало духом, и тогда Сенявин решился на крайнюю меру. Он предложил черногорцам послать депутацию к императору Александру I и просить его об отмене этого предписания, а до тех пор обещал продолжить борьбу с французами. И осада французских войск, засевших в Рагузе, продолжилась.
К концу июля, несмотря на извещение, что император одобряет действия Сенявина, положение его сделалось еще более затруднительным. Из Петербурга пришло известие об одобрении, а из Парижа русский уполномоченный Убри сообщил, что он подписал договор России с Францией на условиях передачи ей Катаро, неприкосновенности Рагузинской области и независимости Рагузинских островов. Эта независимость и неприкосновенность, однако, не были ничем гарантированы.
Сенявин решил не обращать внимания на известие из Парижа, отклонился от каких бы то ни было контактов с австрийцами и французами и объявил, что будет ждать приказаний от самого императора. В конце июля ему было извещено, что Александр I не утвердил мирных условий, подписанных Убри, и приказал их пересмотреть, поставив непременным условием требование независимости Далмации и Катаро.
После начала в декабре 1806 г. русско-турецкой войны эскадра Сенявина перенесла свои действия в Архипелаг и Мраморное море, где должна была стать союзником англичан. Появление ее здесь подняло на борьбу с турками греческое население, которое присоединилось к борьбе, начатой далматинцами и черногорцами. Новые успехи Сенявина должны были стать дальнейшим стимулом этой борьбы.
Сенявин занял остров Тенедос, отдававший в его руки вход в Мраморное море. Дарданелльский пролив был блокирован, что вскоре вызвало голод в Константинополе. Там вспыхнуло восстание, к власти пришел новый султан, который повелел двинуть флот для прорыва блокады Дарданелл. Сенявин двинул свою эскадру навстречу туркам. 21 июня 1807 г. началось Дарданелльское сражение. После нескольких часов ожесточенного боя турецкий флот укрылся в Дарданеллах. Сенявин преследовал его, пытаясь уничтожить три сильно поврежденных линейных корабля, но сильный огонь береговых батарей и темнота заставили его прекратить сражение. Потери турок составили до 2000 человек. Сенявин продолжал блокировать Дарданеллы.
Сенявин стремился выманить турок из пролива на новый морской бой. Узнав, что русская эскадра обездвижена из-за слабого ветра, турки 15 июня 1807 г. двинулись опять к острову Тенедос и высадили там десант. Два дня османские корабли и десант штурмовали береговые укрепления русских, пока не появилась эскадра Сенявина.
Турецкое командование попыталось избежать боя и отошло от острова. Сенявин оставил свои небольшие суда для помощи гарнизону Тенедоса, а с основными силами двинулся на поиск врага. Турецкая эскадра обнаружилась 19 июня на якоре между островом Лемнос и Афонской горой. Началось Афонское морское сражение.
Весь свой артиллерийский огонь русский флот сосредоточил на турецких флагманах. К концу дня корабли противника стали уклоняться от боя. Один из адмиральских кораблей был сильно разрушен, на нем были сбиты все реи и паруса. Вскоре он был взят русскими на абордаж.
Утром 20 июня стало ясно, что турецкая эскадра уходит на север, однако один линейный корабль и два фрегата отрезаны от нее. 21 июня Сенявин послал в погоню за отходящей эскадрой противника три линейных корабля во главе с адмиралом Грейгом. Тем временем отрезанные от своих турецкие корабли были сожжены экипажами. Через день в отступающей турецкой эскадре взорвались линейный корабль и фрегат, а два фрегата затонули. Всего из 20 турецких кораблей, вышедших из Дарданелл, назад вернулось только 12. 25 июня эскадра Сенявина вернулась к острову Тенедос. Турецкий десант сдался.
В итоге Афонского сражения Порта потеряла боеспособный дух своего флота. В августе 1807 г. между Россией и Турцией было подписано перемирие.
Начавшиеся переговоры в Тильзите должны были повлечь за собой и мирные переговоры с Турцией. Сенявину было предписано воздержаться от дальнейших наступательных действий. По условиям Тильзитского мира Сенявин должен был оставить Архипелаг, предоставив французскому правительству посредничество при заключении мирного договора между Россией и Турцией. 5 октября 1807 г., пройдя Гибралтар, эскадра Сенявина вышла в Атлантический океан.