В 1561 году в знаменитой битве Каванакадзина погиб японский военачальник Моритоки Мотизуки. Его жена, получив это прискорбное известие, отправилась под защиту дяди погибшего супруга, могущественного Такеда Сингена. Вместо того, чтобы уйти в монастырь и вести тихую жизнь монахини, как это было принято в подобных ситуациях, энергичная вдова Тиоми Мотидзуки решила всеми силами поддержать властолюбивые устремления дайме Такеды. Этим и объясняется создание для решения своих проблем сети агентов — куноити. Поначалу это были девушки «МИКО» (служительницы в храме по яп.), которые на ряду со своими прямыми обязанностями могли назначаться на выполнение её настоящих заданий — шпионажа, наблюдения, курьерских операций и т. п. Позднее Тиоми Мотизуки организует «центр» по подготовке женщин — ниндзя в Нацу, деревне в области Синсю (Нагано). Это обясняеться тем, что Мико никогда не выходили замуж, и естественно, не могли иметь детей. А нужны были молодые девочки, для подготовки их в духе ниндзя. Поэтому Тиоми Митозуки стала отбирать подходящие ей кандидатуры из среды бесчисленных бездомных и не имевших пристанища в результате не прекращающихся войн детей. Куноити — сенсей стала родной матерью для каждой оставшейся одной или убежавшей девочки, чей путь лежал через Синсю. В глазах других жителей Нацу Тиоми была просто добродушной, милосердной женщиной, которая трудилась изо всех сил, спасая молодых, одиноких девочек, давая им приют и согревая их душевным теплом. Поначалу девочки получали образование Мико. Однако, паралельно с этим, будущие воительницы Тиоми подвергались процессу индоктринации, который гарантировал в дальнейшем их абсолютную верность. Постоянно напоминая девочкам, что именно она спасла их от нищеты и дала им новую жизнь, Тиоми Мотизуки прочно связала их с собой глубокими чувствами любви и привязанности. Снова и снова она обращалась к своим воспитаницам с воспоминаниями об их детсве. Кто был виноват в их прошлой бедности? Кто предал их? Кто нашёл их в ненастное время и подарил им новую жизнь, когда казалось всё было потеряно? Постепенно девочки приходили к убеждению, что их единственный шанс в этой жизни состоит в том, чтобы поддерживать тесную связь с сестрами и относиться к Тиоми Мотизуки с беззаветной преданностью.
Следующим этапом подготовки были знания о том, как получать информацию, сеять слухи, передавать информацию, правильно оценивать происходящее и т. д., в том числе, как пользоватся женской привлекательностью для манипуляции мужчинами. Естественно, осваивались и чисто боевые методы. После всей этой подготовки девочки становились зрелыми агентами ниндзя — куноити Кога-рю Тиоми Мотизуки. Никто, кроме самого дайме, не знал о роли милосердной вдовы, — этой тайной, которая дала ему множество необходимейших сведений, он не делился даже с ближайшими соратниками.
Как уже отмечалось, на протяжении столетий кланы ниндзя приобретали все большие достижения а области боевых искусств и чувствовали все меньшую связь с мистическим учением, которое защищали их предки. Усиливающаяся активность японских военачальников потребовала множества агентов-ниндэя, что заставило их создать систему подготовки, при помощи которой можно было за короткое время подготавливать шпионов или сверхвоинов. Тренировки тела заменяли используемые древними бойцами-ниндзя сверхъестественные способности. Такое «новое» боевое искусство было принято на вооружение ниндэя в этот промежуток времени, и невидимые воины, единственной целью которых на протяжении веков было выживание их клана, были непреклонны в своей решимости.
Их учение разделяло нин-дзютсу на два больших раздела. Их основу составляли:
ХЭЙ-ХО (СТРАТЕГИЯ БОЯ) — высший уровень.
БУ-ДЗЮТСУ (ИСКУССТВО ВОИНА) — низший уровень.
Бесчисленные кланы ниндэя, существовавшие в Японии на протяжении 13–17 веков, руководствовались различными мотивами и очень сильно отличались друг от друга в деталях, составлявших специальную подготовку. Каждое семейство и каждый клан имели чисто свои методы подготовки агентов-ниндзя. Одни из них ставили главный упор на физическую подготовку, другие — на тренировку наблюдательности, неко-торые-на установление правильных политических хонтактов. Список различных приоритетов для ниндзя может быть очень длинён, но существовало восемь основных разделов, в которых каждый ниндзя, независимо от главной специализации, должен был быть мастером: